1，用“BioLign”打开后缀为AB1格式的测序结果文件，然后拖动鼠标选中所有碱基，Ctrl+C复制（用此软件打开测序文件后，会看到很多AGCT等很多碱基，同时也会有对应的4中颜色的“峰”，要看测序结果好不好就可以从这里知道了：除开测序的“头”和“尾”不看，就看中间的区域，看是不是单峰，如果有很多重叠峰，表明测序结果不可信，建议重做，不必要后面的操作了。一般“头”和“尾”会有很多重叠峰，这个很正常，不必在意。）；
2，新建一个“txt”文档，将复制的碱基粘贴到文档中，并注明这是上游序列的测序结果，建议标号“up”；
3，下游序列的操作方法同上，标号“down”；
4，打开“DNAsist”软件，然后在通过这个软件打开刚才保存的上游序列（注意，点击DNAsist的“File”，“open”后，要将对话框中文件类型调整为txt格式，这样才能看到刚才保存的序列）；
5，分别打开“up”，“down”，让这两个序列都在同一个软件中打开；
6，鼠标单击“down”，这时我们会看到down的对话框处于激活状态，而up的对话框处于灰黑色（也就是非激活状态）。
7，点中down后，在软件的主菜单上有个“Convert”，点击下拉菜单中的“Reverse-Complement”，这时你会发现down序列已经变了，已经变成了它的反向互补链，为了避免同名干扰，建议你现在点击“Flie”下的“Save as”，将刚才翻转的序列重新命名为“down互补”，这时你会发现刚才还显示的是“down”的序列已经变为“down互补”了；
8，点击主菜单上的“Analyze”，“Align”后，你会看到对话框中有两个序列“up”“down互补”，将这两个序列都选中（分别单击一下就可以了）；
9，都选中后单击“Align”，等待数秒，会比对生成一个名字为“Alignment 0”的文件；
10，你会发现生成的比对文件中间有很多红色覆盖的区域，现在就要注意了，到了处理的最关键的地方了，评判一个测序结果好不好，结果可信不可信就看现在的了；
11，红色区域的首、尾分别有很多断开的地方（软件将空位用的是“—”补齐的），这些都不用管。关键看中间是否有一段很完整的没有任何断点的红色区域，保守点说，这个区域至少得300 bp长，如果找到了这样一段连续的区域，表明测序结果还行；如果找不到，建议重新做鉴定，有可能是你测序结果不好，也有可能是你的样被杂菌污染了；
12，如果你的有300 bp以上重复区域，下面怎样从这个比对文件中获取你的16S rDNA序列。你会注意到，生成的比对文件是分两行来进行的，上面是“up”，下面是“down互补”。下面你就复制“up”序列（只负责up的哦），贴到一个新建的word文档中，一直到那个重复区域的断点那里（约950 bp长度），然后从断点之后开始向下复制“down互补”序列，一直到结束（约550 bp长度），紧挨着刚才的序列往后贴。这样你的16S rDNA序列就出来了，总长在1500 bp左右；
13，这样你就可以将其输入到NCBI进行比对，分析同源性了。
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