日本播放的《神奇宝贝》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他四部动画，后者在设定上基于各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。目前正在播放的是《神奇宝贝XY》（ポケットモンスター XY）。
系列
篇
集数
神奇宝贝无印篇 石英联盟 276
橘子群岛
城都联盟
神奇宝贝超世代 丰缘联盟 192
对战开拓区
神奇宝贝钻石与珍珠 193
神奇宝贝超级愿望 第一季 84
第二季 24
N章 14
Da！章 22
动画电影
主词条：神奇宝贝剧场版
在主系列动画的放送过程中，描述电视动画系列主角特定冒险经历的的神奇宝贝剧场版（剧场版ポケットモンスタ）会上映。截至目前共有17部剧场版和2部特别电视直播短片（第一部“超梦重现 风云再起”，常用译名“超梦，我就在这里！”在日本以外的地区采取录像带首映，第二部是“战栗的幻影神奇宝贝”）。每一部剧场版的剧情包括与一只传说中的神奇宝贝的邂逅。剧场版同样被用来宣传将在游戏新作中出现的神奇宝贝。
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日文名
中文名
上映日期
1 ミュウツーの逆袭 超梦的逆袭 1998年7月18日
2 幻のポケモン ルギア爆诞 梦幻之神奇宝贝 洛奇亚爆诞 1999年7月17日
3 结晶塔の帝王 ENTEI 结晶塔的帝王 2000年7月8日
4 セレビィ 时を超えた遭遇 雪拉比 穿梭时空的相遇 2001年7月7日
5 水の都の护神 ラティアスとラティオス 水都的守护神 拉帝亚斯与拉帝欧斯 2002年7月13日
6 七夜の愿い星 ジラーチ 七夜的许愿星 基拉祈 2003年7月19日
7 裂空の访问者 デオキシス 裂空的访问者 代欧奇希斯 2004年7月17日
8 ミュウと波导の勇者 ルカリオ 梦幻与波导的勇者 路卡利欧 2005年7月16日
9 ポケモンレンジャーと苍海の王子 マナフィ 神奇宝贝保育家与苍海的王子 玛纳霏 2006年7月15日
10 ディアルガVSパルキアVSダークライ 决战时空之塔 帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊 2007年7月14日
11 ギラティナと氷空の花束 シェイミ 骑拉帝纳与冰空的花束 洁咪 2008年7月19日
12 アルセウス 超克の时空へ 阿尔宙斯 超克的时空 2009年7月18日
13 幻影の覇者 ゾロアーク 幻影的霸者 索罗亚克 2010年7月10日
14 ビクティニと黒き英雄ゼクロム 比克提尼与黑英雄 捷克罗姆 2011年7月16日
ビクティニと白き英雄 レシラム 比克提尼与白英雄 雷希拉姆 2011年7月16日
15 キュレムVS圣剣士 ケルディオ 酋雷姆VS圣剑士 凯路迪欧 2012年7月14日
16 神速のゲノセクト ミュウツー覚醒 神速的盖诺赛克特 超梦觉醒 2013年7月13日
17 破壊の茧とディアンシー 破坏之茧与蒂安希 2014年7月19日
18 光轮の超魔神 フーパ 光轮的超魔神 胡巴 2015年7月18日
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