远在5000多年前的新石器时期，境内海安青墩地区就有原始氏族部落繁衍生息。
五代设郡，称静海。
后周显德五年（958年）筑城，定名通州。
宋天圣元年（1023年）改称崇州，又名崇川。
自此以后至清军入关（1644年），除一度属淮南东路外，崇川基本属扬州（扬州路、扬州府）管辖。
康熙十一年（1672年），海门废县为乡，并入通州。雍正二年（1724年），通州升为直隶州，隶属于江苏布政使司，领泰兴、如皋两县。乾隆二十六年（1761年），改属江宁布政使司。乾隆三十三年（1768年），割通州19沙、崇明11沙及新涨的天南等41沙设海门直隶厅。
辛亥革命后，废州设县，称南通县，被称为“中国近代第一城”。
1949年2月南通全境解放后，划城区、狼山、天生港一带建南通市，先后为苏北行署、南通地区专署所辖。
1962年改为省辖市。1983年南通地区与南通市合并，实行市管县体制。
1991年区划调整后，将原来的城区更名为崇川区。
2000年，崇川区辖7个街道、2个镇、3个乡。
2001年经省政府批准，将南通市通州区的观音山镇、小海镇、竹行镇、通州区良种场划归崇川区管辖；将通州区行政区域范围内的南通农场（隶属省农垦集团公司）、东方红农场（隶属省军区）划入南通市崇川区行政区域。其中：小海镇、竹行镇、良种场、种畜场整建制划进市区并委托富民港办事处管辖，南通农场（省属）和东方红农场（省属）划入富民港办事处行政区划范围内。
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