主要区别是，专业性质不同、主要课程不同、就业方向不同，具体如下：
一、专业性质不同
1、环境工程
环境工程是环境科学的一个分支，主要研究如何保护和合理利用自然资源，利用科学的手段解决日益严重的环境问题、改善环境质量、促进环境保护与社会发展。是研究和从事防治环境污染和提高环境质量的科学技术。
2、环境生态工程
环境生态工程专业培养学生具有环境科学的理论基础、知识和技能、成为适合在科研机构、高等学校、企事业单位及行政部门从事科研、教学、环境保护和环境管理等工作的高级专业人才。
二、主要课程不同
1、环境工程
水污染控制工程，大气污染控制工程，环境噪声控制工程，环境影响评价，环境工程微生物学，环境监测，固体废物处理技术，电厂水处理技术，有机化学、无机化学、物理化学、环境化学、微生物学、电厂脱硫及除尘技术等。
2、环境生态工程
环境学、生态学导论、湿地生态学、固体废物处理与处置、景观生态学、生态监测与评价、生态工程学、环境工程学、保护生物学、产业生态学、环境生态规划与管理、水污染控制工程、环境生态工程等。
三、就业方向不同
1、环境工程
毕业后能够在政府部门、规划部门、经济管理部门、环境保护各部门、环境工程设计单位、工矿企业、相关科研单位、火力发电厂等，从事规划、设计、管理、教育、研究开发、电厂化学等方面工作。
2、环境生态工程
环境生态工程专业毕业生主要在各级政府环保部门、规划部门、建设管理部门、设计研究院所、环境工程公司、科研单位、高等院校等从事环境规划、环境管理、环境工程设计、环保产品开发以及教学和环境科学研究等方面的工作。环境生态工程专业专业毕业生还可报考环境工程、环境科学、市政工程、环境管理、城市环境与生态工程等专业研究生。
参考资料来源：百度百科-环境工程
参考资料来源：百度百科-环境生态工程
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