国内外的许多研究都证明，艾烟的化学成分非常复杂，清艾条含有不少于119种化合物成分，总体来说，利弊皆有。
例如含有许多种高毒性甚至剧毒物质一氧化碳、PM2.5、3.14苯并芘、单环芳香烃如 Benzene, pentyl-（戊苯）与稠环芳香烃如naphthalene（萘）类等物质，phthalate（邻苯二甲酸酯）类物质，以及2-tert-Butyl-4-hexylphenol（2-叔-丁酰-4-己基苯酚）、Thujone（侧柏酮）等物质，约占总量的 10.625％，长期接触可对人体产生不利影响。
当然艾灸烟雾也含有大量药用成分及生物活性成分、香料等，例如萜类、烷烃、酯、烯烃、醇、酮、醛、芳香烃类物质。
例如 Eucalyptol（桉油精）、 Camphor（樟脑）、 Junipercamphor（桧脑）、 Caryophyllene（石竹烯）、 Caryophyllene oxide（石竹烯氧化物）、 Dimethulene（菊奥茧）等物质，约占总量的 5.067％，具有抗菌、抗病毒、平喘、抗过敏、抗炎、镇痛、强心等生物学作用，可对人体产生有益作用。
这些燃烧之后产生的活性微粒子（量子）应该就是艾灸通过穴位与人体交换、输注信息、能量等的活性物质基础，在艾灸临床疗效中扮演着不可或缺的作用。
大量的研究结论显示：艾灸烟雾对许多病症均有很好的疗效，但对人体健康也具有潜在的危害。因此，比较多的研究结论普遍认为：艾灸时间不宜过长，艾灸结束后应尽快离开艾灸环境，灸师等从业者应该配备良好的防护措施以预防职业病的发生。
艾灸烟雾对于人的嗅觉而言，至少有三种情形值得注意：
一是艾草燃烧后浓烈的烟味；
二是特殊的艾香味；
三是艾灸后皮肤吸收后代谢物的特有味道。因人而异，古文献描述“灸出异香”大概就是指此而言。艾烟的无论那一种味道都具有极强的吸附性，可以附着在居室墙表面，渗入到衣物之中，乃至漫延漂浮在室内空气中，经久不散。
