苍耳子入药的历史非常久远，早在《神农本草经》中古人便已经将苍耳子收录其中。而且古代的医者对于苍耳子的作用总结的也比较到位，古人认为苍耳子入药“上可通巅顶、下能行足膝、外又达皮肤”，入药的话最善于缓解鼻科方面的各种疾病。
1、苍耳子上可通巅顶而散风寒、通鼻窍。
在《本草蒙筌》中记载，苍耳子入药善通脑顶而止头痛，对于风寒外邪、鼻窍不通等引起的各种头痛皆有缓解之效。
苍耳子味辛性温，可起到疏散风寒之功，像人们日常因为风寒外邪入侵巅顶引起的头痛、体热、鼻塞不通、爱打喷嚏流鼻子等情况，苍耳子入药多有良效。
而至于鼻子方面的问题，苍耳子入药效果最佳。比如鼻子常流涕不止、鼻塞不通且兼有前额头痛的情况，以苍耳子入药即可起到宣肺散寒、通利鼻窍的效果。古人就直接用苍耳子同辛夷、白芷、薄荷等药研磨成细粉，然后用葱白、生姜茶冲服，服之有通利鼻窍的良效。
还有一些过敏性鼻子等问题，常伴有鼻子痒痛、不透气、流清涕、喷嚏连绵等症状，此时则可用苍耳子同扶正祛邪之药同用。比如古人用苍耳子和黄芪、防风、白术、五味子、蝉蜕等药材同用，可有效缓解鼻子容易过敏的现象。
2、苍耳子下能行足膝而除湿痹、止疼痛。
苍耳子味辛温而能缓解各种湿邪痹证，古代医者曾说苍耳子乃是“上中下一身湿邪众病不可缺之药”，而且尤善于下行足膝缓解下焦之湿痹疼痛之症。
比如常见的一些因为湿寒之邪内侵下焦之筋骨、关节等导致的下焦疼痛、骨节拘紧，甚至难以独立行走等情况，以苍耳子配伍诸药就可以起到散湿寒、除痹痛、健人筋骨的作用。
古人在缓解一些轻微的下焦痹证之时，直接单用苍耳子煎汤或者将其制成丸散就有良效；而对于较为严重的痹证，则可同威灵仙、防风、羌活、透骨草、淫羊藿、当归、牛膝、川芎等药材同用，既能除湿寒而止痛，又可活血脉而通络，还能壮真阳而健骨。
3、苍耳子外又达皮肤而止痒痛、除风疹。
苍耳子的辛散之力还可透达于肌肤、通人毛窍，从而起到祛散肌肤之表邪的作用。比如寒邪外侵于表、湿邪蕴结于表、风邪走散于表等引起的皮肤泛红、出疹子、痒痛等症状，苍耳子入药也是有效的。
古人在缓解一些皮肤泛红、有疹子、痒痛不止等症状的时间，就以苍耳子同其花、叶子同用研磨成细粉，以红糖水冲服即可愈；现代为了用药安全，则常用苍耳子同薄荷、荆芥、防风、地肤子、蛇床子等药材煎汤外用冲洗皮肤，对于此类皮肤之表疾也是有很好的效果。