刑事案件三个阶段是侦查阶段、审查起诉阶段、审判阶段。
侦查阶段指普通案件由公安机关侦查，贪污、渎职案件由检察院侦查，监狱、军队、铁路、森林、海关等部门负责其职权范围内的刑事案件侦查；审查起诉阶段指由人民检察院负责。期限为一个月，可延长半个月；审判阶段指由人民法院或者各专门法院负责，期限是二到三个月。
侦查阶段是侦查机关从发现犯罪或犯罪线索开始，至通过侦查，确认犯罪分子并查清其主要犯罪事实到侦查终结为止的阶段。依照法定程序发现和收集有关案件的各种证据，查明犯罪事实，查获和确定犯罪嫌疑人，并采取必要的强制措施，防止现行犯和犯罪嫌疑人继续进行犯罪活动或者逃避侦查、起诉和审判，从而保证刑事追诉的有效进行。
审查起诉作为刑事诉讼的基本程序之一，是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查，依法决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉、不起诉或者撤销案件的诉讼活动。人民检察院受理移送审查起诉案件，应当指定检察员或者经检察长批准代行检察员职务的助理检察员办理，也可以由检察长办理。
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第十九条 【职能管辖】刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
自诉案件，由人民法院直接受理。