法律分析：如果职工觉得公司的惩罚制度不合理的，可以与公司协商罚款的问题，如果公司的罚款制度违反的，可以到劳动部门投诉。在现实生活中很多企业会设立管理制度，而管理制度包括奖励和惩罚制度，如果员工出现某些违反公司制度的情形时，会相应扣除职工的工资。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第九十一条 用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（四）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。