中药材栽培除要求一定的产量外，更注重药材的品质，有效成分的含量必须符合国家药典的规定。因此在中药材病虫害防治的各项措施的应用中，应加强无污染新技术的研究与应用，做到既控制病虫的危害，又不降低中药材的品质，避免农药残留及其它污染物对中药材的污染。药用植物病虫害防治策略如下：
（1）根据中药材自身的特点开展生物防治 生物防治一般对有害生物选择性强，毒性大；而对高等动物毒性小，对环境污染小，一般不造成公害，中药材病虫害的生物防治是解决中药材免受农药污染的有效途径。例如应用管氏肿腿蜂防治金银花天牛等蛀干性害虫；应用木霉菌制剂防治人参、西洋参、川芎等药材的根部病害；应用苏云金杆菌防治鳞翅目害虫的幼虫；用昆虫病原线虫防治地下害虫；利用多抗霉素防治中药材的斑点病、灰斑病、褐斑病，等等。另外，应充分考虑天敌的自然控制作用，如利用天敌昆虫如螳螂、草蛉幼虫、步甲、食蚜蝇和各种寄生蜂等。这些天敌对抑制害虫的密度起了不可忽视的作用，要保护它们并使其能够顺利繁殖，以达到控制害虫的目的。
（2）植物源农药及抗病虫品种的应用 种类繁多的植物次生代谢产物，是潜在的化学因素，这些物质不同程度地对昆虫表现出拒食、驱避、抑制生长发育及直接毒杀等作用。害虫及病原微生物对植物农药一般难以产生抗药性，这类农药也极易与其它生物措施协调，有利于综合治理措施的实施。目前生产上已应用的植物源农药有苦参碱、川楝素、烟碱、茴蒿素、鱼藤酮等。
另外中药材的不同类型或品种之间往往对病虫害抵抗能力有显著差异。如地黄农家品种金状元对地黄斑枯病比较敏感，而小黑英比较抗病；有刺型红花比无刺型红花抗炭疽病和红花实蝇；中柴2号抗柴胡根腐病较其他品种更强。因此要充分利用这些抗病虫特性，进一步选育出理想的抗病虫的优质高产品种并加以推广，那些病虫害严重且防治难度大的中药材，选用抗病虫品种是一项非常经济有效的防治措施。
（3）重视农业防治加强物理防治 农业防治是通过调整栽培技术措施减少或防治病虫害的方法，是最经济很多时候也非常有效，它主要包括：①合理轮作和间作。轮作可减轻病虫为害，如大黄与黄芪轮作可降低大黄炭疽病和霜霉病的发病率，同时为害黄芪的豆芫菁的虫口密度得以减少；同科属的中药材一般不能轮作，多数中药材忌连作。②冬耕晒垡。可直接破坏害虫的越冬场所，减少越冬病虫源，达到防病治虫的目的。③清洁田园。消除杂草和前茬作物，收获后清洁田园烧掉或深埋处理，是防治病虫害的重要措施。
物理防治包括用温度、光、电磁波、超声波方法防治病虫害。如用温汤浸种可防薏苡黑粉病和地黄线虫病；夜晚用不同波长和颜色的灯光可诱杀某些鳞翅目成虫和金龟子等；利用蚜虫的趋性，在田间挂黄色黏虫板等效果都非常好。
（4）合理使用化学防治 目前，化学防治还是防治中药材病虫害的重要手段，其它防治方法还不能完全代替。化学防治造成的农药残留、环境污染和病虫害抗性已引起了人们的重视。所以，化学农药使用原则是能不用尽量不用、能少用药尽量少用、能兼治尽可能兼治，能用生物农药尽量不用化学农药，以达到减少污染或无污染的目的。为了减少用药次数，仅在必须用药的关键时期用药。要充分考虑天敌的自然控制作用，尽可能避开天敌或选择对天敌较安全的农药，如：常用于防治灰霉病、白粉病、炭疽病的甲基托布津和防治锈病、霜霉病和叶斑病的百菌清，整个中药材生育期最多用药次数不得超过4次，最后1次用药距采收不少于14天。防治害虫用的敌百虫、辛硫磷和溴氰菊酯等农药，全生育期最多用药次数不得超过3次，最后1次用药距采收不得少于7天。