西瓜起源于非洲。西蒙兹（N.W.simmonds，1976）在《栽培植物的进化》一书中指出：西瓜作物的野生祖先，一是在非洲南部的卡拉哈里（Kalahari）沙漠；二是在非洲东部苏丹共和国的科尔多凡省。美国惠特克（T.W.Whitaker，1962）指出：早在1882年，德康道尔（De Candolle）就收集到大量标本，证明西瓜原产于热带非洲。利文斯敦（David Livingston）还目睹了一些野生动物在非洲西瓜原产地啃食野生西瓜的情况。惠特克还进一步证实：原产卡拉哈里的非洲野生西瓜包括2个生化类型，一种果实含有葫芦素，具苦味；另一种无苦味，不含葫芦素。后一种野生西瓜被当地布须曼人（Buskman）作为食物和饮水。这种野生西瓜的果肉坚硬，绿瓤，大籽。
根据瓦维洛夫（Н.И.Вавилов，1935）的植物起源中心学说，在西瓜植物的原产地非洲，还应分布着一批野生近缘种。福尔萨（T.B.Фypca，1972）证明，西瓜植物的3个近缘种，全部产在非洲，药西瓜（Citrullus colocynthis）产在北非地中海沿岸，缺须西瓜（C.ecirrhosus）产在西南非纳米比亚，诺丹西瓜（C.naudinianus）产在南非安哥拉到莫桑比克一带。
国际植物遗传资源委员会（IBPGR）1983年发表的艾斯奎纳斯—阿尔卡扎和古利克（J.T.Esquinas-Alcazar and P.J.Gulick）的 “葫芦科的遗传资源”指出：西瓜（Citrullus lanatus）起源于非洲，在半沙漠地区发现了西瓜属的野生类型，很可能在古代就引进埃及并延伸到印度栽培。其栽培类型的多样化中心在印度和非洲热带及亚热带地区。