政府审计质量与下列因素有关：
（1）审计机关的独立性是影响审计质量的关键因素。现行审计体制下，由于地方审计机关隶属于本级政府，审计机关主要领导人的任免奖罚全维系于本级政府，审计机关的经费由政府财政统一支付，审计工作受来自方方面面的干扰。从近年来各级审计机关特别是基层审计机关的审计执法情况看，经常容易遇到权力寻租的现象，审计结果常成为地方政府的 “维权”工具，提交人大的审计报告就大大“缩水”，审计质量难以得到保证。这里的独立性既涉及经费的独立，也包括审计人员人事关系的相对独立。只有保证审计机关的独立，审计机关与被审计单位的利益联系才能不断降低，发现问题、解决问题的能力才能更强，审计质量也就越高。
（2）审计资源是影响审计质量的重要因素。审计机关的审计资源主要包括审计人力资源、财力资源和信息资源三个方面。一般而言，审计机关占有的审计资源越充裕，审计质量也就越高。首先，从审计人力资源方面看，影响政府审计质量的主要是审计人员的素质的高低，而审计人员的数量对国家审计质量影响较小。主要是因为高级别的审计人员能够主动地开展审计质量控制活动，提高审计项目的质量。其次，审计财力资源是审计活动的保障，充足的审计经费能够提高审计抽查的样本数量，扩大审计的覆盖面，确保审计报告的客观性和公允性；同时，充足的经费能够降低高级国家审计人员的流失程度。最后，信息资源也是影响审计质量的因素，主要包括信息的收集和更新，由于客观环境不断的变化，国家的相关政策法规也在不断调整，审计人员必须掌握大量的信息才能满足审计质量的需要。
（3）审计项目的复核与监督机制是提高审计质量的保障。为确保审计质量，审计机关对审计项目的计划、执行、结果等全过程都采取了复核与监督的办法。复核是指审计对审计项目审计工作底稿、审计信息材料、审计报告材料的进行复查和审核，及时发现审计活动存在的瑕疵和纰漏，并及时整改。审计机关一般应采取三级复核制，即审计组长复核、法制机构复核、审计业务会复核。监督是指审计机关为确保每个审计项目都在既定审计计划安排下实施，而对审计项目的计划安排、时间预算、外勤工作安排、审计成本、廉政纪律等采取的控制措施。通过监督，审计机关能够减少不必要的审计资源耗费，提高审计效率，相对提高审计资源供给，缓解审计资源不足对审计质量的影响，提高审计质量水平。审计机关实施有效的复核和监督措施，能够及时发现审计工作中出现的问题，便于追究相关审计人员的责任，能够确保审计质量的高水平。
（4）审计人员的职业道德水准及能否执行廉政纪律是影响政府审计质量的一个很重要因素。
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