根据国土资源部《土地登记办法》第十八条和《关于进一步规范土地登记工作的通知》（国土资发〔2003〕383号）有关规定，土地登记必须“权属合法、界址清楚、面积准确”。土地权属有争议的，不予登记；土地权属争议，要在地籍调查和登记过程中及时解决，一时难以解决的，要依照《土地权属争议调查处理办法》依法处理，并以处理结果作为登记的依据。因此，对于有争议的农村土地，在权属争议解决前不得确权登记发证。
《土地管理法》第十六条规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
由上可知，要确权先要解决土地纠纷。纠纷解决后，到县国土部门申请补登。
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