工程联系函回复内容与合同内容冲突的问题，没有一个统一的答案，要根据具体的情况分析。一般来说，有以下几种可能的处理方法：
如果联系函是在合同签订之前发出的，那么合同内容应当优先于联系函内容，因为合同是双方正式的法律文件，而联系函只是一种工作沟通的方式。
如果联系函是在合同签订之后发出的，那么要看联系函是否属于对合同内容的补充或修改。如果是补充或修改，那么要看双方是否有明确的意思表示和一致的意思达成。如果有，那么联系函内容可以作为合同内容的一部分，具有法律效力。如果没有，那么联系函内容不能取代合同内容，只能作为一种参考或建议。
如果联系函是在合同履行过程中发出的，那么要看联系函是否涉及到工程变更、工程质量、工程价款等重要事项。如果涉及，那么要按照合同中关于变更、质量、价款等条款的约定来处理。如果不涉及，那么可以根据实际情况和双方协商来处理。
总之，工程联系函回复内容与合同内容冲突的问题，需要综合考虑联系函的时间、内容、形式、目的等因素，以及合同的条款、性质、目的等因素，以便找到最合理和最有利的解决方案。
举一个工程联系函回复内容与合同内容冲突的案例：
假设甲方是某市政府，乙方是某建筑公司，双方签订了一份关于建设某公园的合同。合同中约定，乙方负责公园的设计和施工，甲方负责提供甲供材料和支付工程款。合同中还约定，如果双方在施工过程中需要变更设计或工程量，必须经过甲方书面同意，并签订变更协议。
在施工过程中，乙方发现公园的地形和地质与原设计不符，需要调整部分景观和设施的位置和规模。乙方为此向甲方发出了一份工程联系函1，说明了变更的原因和内容，并要求甲方尽快回复。甲方收到联系函后，没有及时回复，而是口头告知乙方可以按照联系函的内容进行变更。
乙方根据联系函的内容进行了变更施工，并在完成后向甲方提交了竣工验收报告和结算报告。甲方在验收和结算过程中，发现乙方的变更内容与合同约定的内容有较大出入，导致工程量增加了10%，工程款也相应增加了10%。甲方不同意按照乙方的结算报告支付工程款，并要求乙方按照原合同执行。
乙方认为自己已经按照甲方的口头指示进行了变更施工，并且已经完成了竣工验收，所以有权利按照变更后的工程量和价格结算。双方因此发生了纠纷，最终诉诸法院。
法院审理后认为，双方在合同中已经明确约定了变更设计或工程量的程序和条件，即必须经过甲方书面同意，并签订变更协议。乙方仅凭甲方的口头指示进行变更施工，没有遵守合同约定，也没有取得甲方的书面确认，因此不能构成有效的变更协议。乙方的变更施工属于自行承担的风险，不能要求甲方支付增加的工程款。法院判决乙方按照原合同执行，并赔偿甲方因此造成的损失。
这个案例说明了，在工程联系函回复内容与合同内容冲突时，应当以合同内容为准，并严格遵守合同中规定的变更程序和条件。否则，可能会给自己带来不必要的麻烦和损失