旗舰店和专卖店及淘宝店区别为：性质不同、特点不同、商品不同。
一、性质不同
1、旗舰店：是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店
2、专卖店：是指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。
3、淘宝店：是淘宝卖家在淘宝所使用的网上店铺
二、特点不同
1、旗舰店：是有着规模化倾向的商业经营模式，这对产品线的要求是比较高的
2、专卖店：销售体现量小、质优、高毛利；采取定价销售和开架面售；注重品牌名声、从业人员必须具备丰富的专业知识，并提供专业知识性服务。
3、淘宝店：方便快捷、不易压货、打理方便、分销渠道多
三、商品不同
1、旗舰店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务
2、专卖店：是某一品牌的实体商品，包配套的售后服务和旗舰店相同
3、淘宝店：商品可以是服务、电子商品、实体商品
参考资料来源：