出差发生的住宿费是可以进行进项税的抵扣的。公司员工出差发生了住宿费，酒店费给开具了增值税专用发票，可以抵扣。住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税用发票抵扣率为3%；住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税用发票抵扣率为6%。在出差期间，员工取得的住宿费专票、火车票、汽车票、飞机票等相关发票是可以进行进项的抵扣的，但要注意吃饭的发票由于是消费性质，还不能做进项抵扣，所以具体的费用要区别对待。
由于出差业务是为了企业的经营而进行的，属于增值税进项税的抵扣范围。
员工住宿费是可以根据用途的不同用于抵扣的，除了以下情况不得抵扣其他情况可以抵扣：住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
其次开票方的纳税人规模不同抵扣率也有所不同，住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其增值税专用发票抵扣率为3%；住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其增值税专用发票抵扣率为6%。
可以抵扣进项税的：
接受服务,包括接受交通运输服务、邮政服务、电信服务、建筑服务、金融服务、现代服务、生活服务。其中:交通运输服务包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务，不包括旅客运输服务;邮政服务包括邮政普遍服务、邮政特殊服务和其他邮政服务；电信服务包括基础电信服务和增值电信服务；建筑服务包括工程服务、安装服务、修缮服务、装饰服务和其他建筑服务。金融服务包括直接收费金融服务、保险服务和金融商品转让，不包括贷款服务支付的利息及与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用。现代服务包括研发和技术服务、信息技术服务、文化创意服务、物流辅助服务、租赁服务、鉴证咨询服务、广播影视服务、商务辅助服务和其他现代服务。生活服务包括文化体育服务、教育医疗服务、住宿服务和其他生活服务。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第十条，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产；
（二）非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、劳务和交通运输服务；
（四）国务院规定的其他项目。
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