1999年，在新的形势要求下，由延边朝鲜族自治州政府批准，延边第二师范学校改制为延边第三中学校。1999年7月，延边第三中学校以完全中学办学模式开始启动。到2008年，学校高举二次创业的旗帜，实施教育产业化理念，历经十年磨砺，突破了各种困难和阻力，赢得了社会各界的认可。学生全员寄宿、半封闭管理，学校由中师时的最大规模24个教学班发展到48个教学班，学生总人数达到2800余人，教职工总人数达到200余人。
学校办学规模实现了跨越式的发展，教育教学质量稳步提高。2002年首次参加高考升学率达97%；在接下来的高考中连创新高，取得了令人振奋的好成绩，重点率和本科率均居全州汉族高中前几位。
由延边第二师范学校成功改制为延边第三中学校，为当时走入困境的中等师范学校找到了一条崭新的出路，开辟了吉林省中等师范学校转制改制的先河，走在了教育改革的最前沿。
延边第三中学校的创建，解决了当时延边朝鲜族自治州教育资源短缺，广大农村学子上学难、上好学更难的矛盾。为延边朝鲜族自治州的教育事业做出了重要贡献。 刘景忠 1999.7—2009.2 校长、党总支书记
吕 鑫 1999.7—2000.7 副校长
于镜远 1999.7—2006.4 工会主席（副校级）
张希荣 2000.3—2005.1 副校长
程 明 2001.5—2004.12 党总支副书记 刘景忠 1999.7—2009.2 校长、党总支书记
李多臣 2003.10—2009.3 副校长
王新平 2003.10—至今 副校长
李宗伟 2005.1—2010.4 党总支副书记（延边第三中学校第三届领导班子） 李多臣 2009.3—至今 校长、党委书记
王新平 2003.10—至今 常务副校长
李宗伟 2010.4—至今 党委副书记
赫利凌 2011.3—至今 后勤副校长继续开拓全新的理念
