在MySQL中每一个数据库都会在定义好（或者默认）的数据目录下存在一个以数据库名字命名的文件夹，用来存放该数据库中各种表数据文件。
1、“.frm”文件 与表相关的元数据（meta）信息都存放在“.frm”文件中，包括表结构的定义信息等。不论是什么存储引擎，每一个表都会有一个以表名命名的“.frm”文件。所有的“.frm”文件都存放在所属数据库的文件夹下面。
2、“.MYD”文件“ .MYD”文件是MyISAM存储引擎专用，存放MyISAM表的数据。每一个MyISAM表都会有一个“.MYD”文件与之对应，同样存放于所属数据库的文件夹下，和“.frm”文件在一起。
3、“.MYI”文件 “.MYI”文件也是专属于MyISAM存储引擎的，主要存放MyISAM表的索引相关信息。对于MyISAM存储来说，可以被cache的内容主要就是来源于“.MYI”文件中。每一个MyISAM表对应一个“.MYI”文件，存放于位置和“.frm”以及“.MYD”一样。
管理工具：
可以使用命令行工具管理 MySQL 数据库（命令 mysql 和 mysqladmin)，也可以从 MySQL 的网站下载图形管理工具 MySQL Administrator, MySQL Query Browser 和 MySQL Workbench。
phpMyAdmin是由 php 写成的 MySQ L资料库系统管理程程序，让管理者可用 Web 界面管理 MySQL 资料库。
phpMyBackupPro也是由 PHP 写成的，可以透过 Web 界面创建和管理数据库。它可以创建伪 cronjobs，可以用来自动在某个时间或周期备份 MySQL 数据库。另外，还有其他的 GUI 管理工具，例如 mysql-front 以及 ems mysql manager, navicat等等。
以上内容参考：百度百科-mySQL
不同的MySQL存储引擎有各自不同的数据文件，存放位置也有区别。
多数存储引擎的数据文件都存放在和MyISAM数据文件位置相同的目录下，但是每个数据文件的扩展名却各不一样。如MyISAM用“.MYD”作为扩展名，Innodb用“.ibd”，Archive用“.arc”，CSV用“.csv”，等等。
1、“.frm”文件 与表相关的元数据（meta）信息都存放在“.frm”文件中，包括表结构的定义信息等。不论是什么存储引擎，每一个表都会有一个以表名命名的“.frm”文件。所有的“.frm”文件都存放在所属数据库的文件夹下面。
2、“.MYD”文件“ .MYD”文件是MyISAM存储引擎专用，存放MyISAM表的数据。
每一个MyISAM表都会有一个“.MYD”文件与之对应，同样存放于所属数据库的文件夹下，和“.frm”文件在一起。
3、“.MYI”文件 “.MYI”文件也是专属于MyISAM存储引擎的，主要存放MyISAM表的索引相关信息。对于MyISAM存储来说，可以被cache的内容主要就是来源于“.MYI”文件中。每一个MyISAM表对应一个“.MYI”文件，存放于位置和“.frm”以及“.MYD”一样。
4、“.ibd”文件和ibdata文件 这两种文件都是存放Innodb数据的文件，之所以有两种文件来存放Innodb的数据（包括索引），是因为 Innodb 的数据存储方式能够通过配置来决定是使用共享表空间存放存储数据，还是独享表空间存放存储数据。
Replication 主从复制的相关文件
1、master.info文件
master.info 文件存在于 Slave（从机）端的数据目录下，里面存放了该Slave的Master端的相关信息，包括Master的主机地址，连接用户，连接密码，连接端口，当前日志位置，已经读取到的日志位置等信息。
2、relaylog 和 relaylogindex
mysql-relay-bin.xxxxxn 文件用于存放Slave 端的 I/O 线程从Master端所读取到的BinaryLog信息，
然后由Slave端的SQL线程从该relaylog中读取并解析相应的日志信息，转化成Master所执行的SQL语句，然后在Slave端应用。
mysql-relay-bin.index文件的功能类似于mysql-bin.index，同样是记录日志的存放位置的绝对路径，只不过他所记录的不是BinaryLog，而是RelayLog。
3、relay-log.info文件
类似于master.info，它存放通过 Slave 的I/O线程写入到本地的relaylog的相关信息。供Slave端的SQL线程以及某些管理操作随时能够获取当前复制的相关信息。
其他文件
1、system config file
MySQL的系统配置文件一般都是“my.cnf”，Unix/Linux下默认存放在"/etc"目录下，Windows环境一般存放在“c:/windows”目录下面。
“my.cnf”文件中包含多种参数选项组（group），每一种参数组都通过中括号给定了固定的组名，如“[mysqld]”组中包括了mysqld服务启动时候的初始化参数，“[client]”组中包含着客户端工具程序可以读取的参数，此外还有其他针对于各个客户端软件的特定参数组，如mysql程序使用的“[mysql]”，mysqlchk使用的“[mysqlchk]”，等等。
2、pid file
pidfile是mysqld应用程序在Unix/Linux环境下的一个进程文件，和许多其他Unix/Linux服务端程序一样，存放着自己的进程id。
3、socket file
socket文件也是在Unix/Linux环境下才有的，用户在Unix/Linux环境下客户端连接可以不通过TCP/IP网络而直接使用Unix Socket来连接 MySQL。本回答被网友采纳