秦皇岛市安全生产监督管理局的内部机构设置如下：
办公室: 负责机关日常管理、文件处理、财务审计、资产管理和固定资产投资项目管理等工作。负责安全生产政策建议、协调监督以及政府安全生产检查和专项督查。管理人事、队伍建设、劳动工资和注册安全工程师等工作，同时负责安全生产培训和培训机构的监管。
政策法规科（规划科技科）: 负责安全生产地方规范性文件的制定，行业规章和标准的实施，政策研究，执法监督和行政复议等。负责安全生产发展规划、科技项目研究、信息化建设和信息统计，以及社会中介机构的监督管理。
安全生产应急救援办公室: 指导应急救援工作，分析风险，制定应急救援制度，组织应急救援体系建设和预案编制演练，监督各地应急预案的执行。
监管一科: 监督非煤矿矿山和石油行业的安全生产，负责建设项目安全审查，准入管理和标准化指导，提请关闭不具备条件的企业，并参与事故调查处理。
监管二科（秦皇岛市安全生产委员会办公室）: 协调跨行业安全监管，参与较大事故调查和应急救援，监督安全生产委员会决议的执行。
监管三科（秦皇岛市烟花爆竹安全经营管理领导小组办公室）: 监督化工、医药等行业的安全生产，负责危险化学品经营准入管理，组织安全设施审查和验收，参与事故调查。
监管四科（秦皇岛市铁路道口安全管理委员会办公室）: 协调冶金、建材等行业安全监管，监督中央和省属驻秦企业的安全生产，负责无人看管铁路道口安全。
职业安全健康监督管理科: 监督工矿商贸作业场所职业卫生，实施相关规章和标准，参与职业危害事故处理，负责职业卫生许可和信息统计。
事故调查科: 指导事故调查处理，负责较大事故以上案件的调查，审核一般事故和迟报事故，参与重大事故调查，并负责事故资料档案管理。
煤炭科（秦皇岛市煤矿安全生产监督管理办公室）: 负责全市煤矿安全生产监管，指导煤矿企业执行法律法规，监督煤矿企业安全生产条件和设备设施，参与煤矿事故调查。
此外，还有机关党总支负责党群工作和机关工会，纪检组（监察室）负责纪检监察工作。