有以下几种方法：1、可以直接去飞船的贸易商店或者是太空中
空间站的贸易商店中购买燃料，之后将燃料补充到飞船里面就可以了
2、直接去攻击太空中的其他飞船，在摧毁其他飞船之后，搜集战利品的时候可以拿到一定的飞船燃料，但是有两个需要注意的地方；
a、攻击其他派系的飞船可能会遭受报复，也就是说你可能会受到飞船同盟的反击，另外如果你飞船性能太差，可能没击败敌人，而且导致自己的飞船被摧毁了。
b、在搜集战利品的时候虽然可以拿到燃料，但是燃料数量的多少并不是固定的，，如果敌方飞船是贸易型的飞船，一般战利品会非常的丰富。
3、最后一种解决无人深空飞船没燃料了的方法，就是自己制作燃料，但是需要有相应的矿物才可以进行合成。