旧石器时代
主条目：日本旧石器时代
关於日本列岛上被确认过的人类历史，大约可追溯到10万年乃至3万年前。约3万4千年前，从华北地区传来被称呼为小刀型石器的石器，在列岛全区被广泛的使用，但在约2万年前由西伯利亚过来新的称呼为细石刀片的石器主要在东日本传开。一段时间里，东日本细石刀片文化与西日本的小刀型石器文化并存，不久细石刀片也在西日本传开，约1万5千年前左右，小刀型石器的踪影急速消失。
约1万2千年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，除了琉球群岛以外，全岛进入下个绳文时代。
绳文式陶器
[编辑] 绳文时代
主条目：绳文时代
约1万2千年前左右开始被称为绳文时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。 这个时候的人们制作绳文式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竖穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。
也进行栽培，后期到晩期间种植稻。
[编辑] 弥生时代
主条目：弥生时代
弥生式陶器公元前8世纪左右至3世纪前后的期间被称为弥生时代。时代划分的名称，是由这个时期被视为代表特徵性的弥生式陶器而来。以种植稻米为中心成立的农耕社会，由北部九州至日本列岛各地快速蔓延开。
根据陶器的形式，可分为前、中、后三期。前期从九州扩展到近畿一带（东日本尚处於绳纹时代末期），中期波及到东北地方。扁平片刃石斧等磨制石器、青铜器和前期北九州的支石墓等类似於大陆文化。弥生文化从一开始就具有先进的农耕技术，通常认为它受到了来自朝鲜的移民的影响。中期以后灌溉技术进步，农业生产渐趋稳定。后期，铁制农具普及，石器基本消失。铜铎、铜剑、铜矛、铜戈等青铜祭器发达，出现制铁和制盐等社会分工。通过交易和战争等，形成了统一的政治性的地区集团。此时北海道尚不能种植水稻，仍处在绳纹文化阶段。
当时的日本列岛被中国称呼为倭、倭国。
参见：
倭奴国王印
邪马台国
[编辑] 古坟时代
（公元300年至公元600年）
主条目：大和时代和古坟时代
大仙陵古坟（前方后圆坟）盛行修筑古坟的时代。前方后圆的大小古坟，以奈良县为中心，散布在北起福岛县、南至熊本县和大分县的广大地区。5世纪又从宫城县扩展到鹿儿岛县。古坟只埋葬部族首长，由部族成员共同修筑。
马埴轮5世纪，原始的所有制关系开始崩溃，大家族发展为生产单位和动产所有单位，原有部族内部发生利害矛盾。从五世纪中期起，畿内强大部族间的内战激化。有些强大的部族与出现倭五王的百舌鸟古坟群和古市古坟群有关。到六世纪，继体天皇系统的新兴势力统一畿内东部各部族，确立了大王的地位。以筑紫君磐井为首的北九州势力，曾希望获得与此类似的地位而进行反抗，但在其获得这种地位之前，这种反抗即已溃败。在内战过程中，各地首长授予部族成员以修造小古坟的权利，以此增强战斗力。因此，原来只是首长墓的古坟，到5世纪后半叶便向小古坟群（群集坟）演变。这种倾向到6世纪进一步发展。日本全国各地修造的古坟超过十万个。古坟的主体部分也采用横穴式石室。石室内埋葬数代家族成员，并以武器为中心，陪葬有须惠器、土师器等死后生活的必需品。
但大量小古坟群的出现，逐渐减弱了古坟作为统治者的建筑物的性质。因此，从6世纪末到7世纪初，倭王权在畿内尽力建造寺院，同时限制修筑小古坟群，大王和强大的豪族则葬于模仿中国皇帝陵墓而建的大型方坟。这样，古坟时代临近结束，而所谓大化《薄葬令》更进一步助长了这种倾向，留下来的只不过是高松冢古坟等贵族阶层的古坟，坟丘小但很华丽。关东和东北地方古坟时代结束的比西日本晚，直到七世纪前半叶仍修造前方后圆坟。
参见：
埴轮
倭王权
七支刀
倭五王
3世纪左右，在奈良县一带兴起了大和国，并且逐渐征服了日本的大部分地区，首领称为「大王」，后来改称天皇。
[编辑] 飞鸟时代
（公元600年至公元710年）
主条目：飞鸟时代
法隆寺五重塔
飞鸟时代得名于奈良县的飞鸟地方（现在的明日香村，当时的都城藤原京）。佛教在这一时期通过百济传来，朝廷中两大势力之一的苏我氏支持佛教，另一势力物部氏支持传统的神道教，双方发生激烈冲突。587年，衣折战役中，苏我马子击败物部守屋，取得对朝廷的控制权。
592年，和苏我氏有姻亲关系的皇族女性丰御食炊屋姬即位为推古天皇。她提名圣德太子（马厩门王子）为摄政进行了以加强皇权为核心的政治改革。圣德太子制定了十二阶冠位和十七条宪法，奠定了中国式的官僚制度的基础；同时还派遣使节和留学生到隋朝学习。为了维持自己的专权，苏我氏极力反对改革，苏我入鹿还杀害了圣德太子的儿子山背兄皇子，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣镰足（藤原镰足）合谋刺杀苏我入鹿，结束了苏我氏的专权。同年，孝德天皇即位，颁布大化改新诏，推行大化革新。
660年，唐灭百济，为了复兴自己的朝贡国百济，日本出兵朝鲜，被唐朝和新罗联军在白村江击败。668年，天智天皇即位，模仿唐朝建立户籍管理制度，并於670年制作了最早的全国性户籍。672年，天智天皇驾崩，儿子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子与其争位，爆发战争，史称壬申之乱。大海人皇子在岐阜县击败弘文天皇，即位天武天皇。天武天皇时期，日本出现了历史上最早的钱币「富本钱」。701年（大宝一年），颁布大宝律令。710年，元明天皇迁都平城京，飞鸟时代结束。
东大寺大佛
[编辑] 奈良时代
（公元710年至公元794年）
主条目：奈良时代
以奈良（平城京）为都的时代。自710年（和铜三年）定都平城京，至784年（延历三年）迁都长冈京，共计74年。是律令制社会的繁荣鼎盛时期，表现在政治经济制度、阶级关系、文化以及对外关系等方面。此时贵族内部政治斗争不断发生。经长屋王之变，藤原氏四卿、橘诸兄、僧玄昉等争权，藤原广嗣之乱，藤原仲麻吕排斥皇族成为第一个非皇族的太政大臣，僧道镜利用孝谦上皇复位诛藤原仲麻吕，进升法王，企图以禅让方式觊觎皇位等一系列事件，使天皇专政的绝对权威受到削弱。光仁天皇及桓武天皇时期，朝廷力图整顿混乱的政治形势，缩减财政开支，改革兵制，向东北地区扩展疆域，谋求整形和重新加强律令制。
[编辑] 平安时代
（公元794年至公元1185年）
主条目：平安时代
以平安京（京都）为都城的历史时代，始於794年（延历十三年）桓武天皇迁都平安京，终於1185年（文治元年）镰仓幕府成立，历经400年。分为三个时期。前期（794-967年）为律令制松懈但继续运用时期。中期（968-1068年）为摄关政治确立与全盛时期。后期（1069-1190）为院政与平氏政权时期。
[编辑] 镰仓时代
（公元1185年至公元1333年）
主条目：镰仓时代
蒙古来袭绘词以镰仓为全国政治中心的武家政权时代。始於1185年（文治元年）镰仓幕府成立，终於1333年（正庆二年，元弘三年）幕府灭亡，历经149年。始期另有1180年说、1183年说、1192年说（源赖朝出任征夷大将军）。
源赖朝在打败平氏以后，在后白河天皇(时为法皇)的挑拨下,与他的弟弟源义经交恶，后来义经转投奥州藤原氏，赖朝迫奥州藤原氏杀死义经，但义经死后两月，奥州藤原氏被镰仓幕府所灭。
源赖朝死后，幕府的政权开始被他的妻子北条政子与外父北条时政掌握，北条政子又称为尼姑将军。北条氏借执权一职架空将军的权力，甚至在第三代将军死去以后，从京都迎接贵族藤原氏甚至皇子出任将军。此后，幕府的政权被北条氏所世袭的执权所领导。
在北条时宗在位的时候，元世祖忽必烈曾两次侵日未果。
后期，幕府的统治日渐衰败，无法维持，终於后醍醐天皇举兵，然后被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈而灭亡。
[编辑] 南北朝时代
（公元1334年至公元1392年）
主条目： 南北朝
后醍醐天皇消灭了镰仓幕府后，就进行了第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。由於，新政未能满足武士的要求，而且只重用京都的公卿贵族，故引来武士的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想开幕府，结果足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。
而后醍醐天皇退位后，持著天皇象徵的三神器退往大和（今奈良县）的吉野，是为南朝，至此南北朝终於形成，史书还称为「一天二帝南北京」
鹿苑寺金阁（北山文化）
慈照寺银阁（东山文化）经过多次攻防后，南朝的势力衰退，终於南朝的天皇把三神器交给北朝的天皇，结束了南北朝时代。
[编辑] 室町时代
（公元1392年至公元1573年）
主条目：室町时代
足利氏原是上野豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。
南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，他统一了以后，曾企图篡夺皇位。但在他死后，第四代将军足利义持阻止了此事。
由於当初足利氏为了对付南朝，必须於京都开设幕府，而在镰仓设公方府，引来了关东大乱。
在第八代将军足利义政在位的时候，因继承权问题爆发了应仁之乱，自此幕府的权威日下。原本受幕府策封於各地的守护大名，有的渐渐被守护代(副官)、家臣、国人篡夺政权，有的可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始，至足利幕府灭亡，人称战国时代。
在京都中，幕府的权威日渐衰落，被管领细川家所干涉、拥立。第十三代将军足利义辉被杀，他的弟弟足利义昭被织田信长拥立，后因与信长作对而被流放，幕府灭亡，正式进入安土桃山时代。
[编辑] 战国时代
川中岛之战详细请参见日本战国时代条目。
15世纪后期至16世纪后期间的时期称为战国时代。
[编辑] 安土桃山时代
织田信长
丰臣秀吉主条目：安土桃山时代
（公元1573年至公元1603年）
天正元年（1573年），织田信长灭了足利幕府后逐渐成为全国最强大的军事首领，并开始积极拓展统治版图，直到天正十年（1582年）消灭甲斐大名武田氏为止，已几乎完全控制近几地方与东海地方，并将势力延伸至中国地方、甲信越地方、四国地方以及北陆地方。同年，部将明智光秀发动本能寺之变，织田信长失踪（或说死去），长子兼织田家家督织田信忠败给明智光秀后自杀，整个织田氏顿时陷入混乱。
此时，织田氏部将羽柴秀吉在山崎之战中讨灭明智光秀，并在后来的家族会议中取得优势，而於隔年的贱岳之战打败另一重臣柴田胜家，成功整合织田氏的版图。
1584年，羽柴秀吉与东海地方大名德川家康爆发会战，双方经过一番对峙后进行和解并结为同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此为根据地，开始进行统一全国的计画。经历四次的大规模讨伐后，1590年，接受天皇赐姓丰臣的秀吉完成全国大致上的统一，使日本进入百年来首见的和平时期，全国的实际政治中心也转移到大坂城的丰臣氏手上。
此后，丰臣秀吉鼓励商业以广开财源外，持续推动全国检地与刀狩令的工作，并以各种手段削弱主要大名的封地。1592年起，他发动两次侵略朝鲜的战争，史上合称文禄•庆长之役（即万历朝鲜战争，韩称壬辰卫国战争）。这场战争导致西日本诸大名实力大损外，也造成丰臣氏财力上严重的负担，并促使家臣严重分裂。
1598年，丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。当时最强大的大名德川家康利用政治手段控制大坂城的权力中心，招致多数大名与丰臣内部文官的不满。1600年，不满的大名在文官石田三成与大名毛利辉元的号召下起兵讨伐德川家康，双方在关原之战中交手，结果德川家康大获全胜，成为全国实际的统治者。1603年，天皇下旨封其为征夷大将军，至此进入江户时代。
[编辑] 江户时代
主条目：江户时代
德川家康1603年（庆长8年）至1867年（庆应3年）间被称为江户时代，於江户设置了江户幕府。
丰臣秀吉死后，德川家康在关原之战（関ヶ原の戦い）中获得胜利并被委任为征夷大将军，於大坂之战中灭了丰臣氏。幕府藉由禁中并公家诸法度（禁中并公家诸法度）与武家诸法度驾驭朝廷和大名，各大名因参勤交替制度（参勤交代）被要求定期往返江户与其领国。幕府禁止基督徒（キリシタン、cristão），经历岛原之乱并完成锁国政策，只进行少部份在长崎出岛与荷兰和清朝的交易。和李氏朝鲜则透过朝鲜通信使维持关系。
政治一安定经济也跟著发展，在德川纲吉时代景气良好，商人与町人盛行元禄文化（元禄文化）昌盛。
浮世绘《富岳三十六景 - 凯风快晴》葛饰北斋江户时代中叶，幕府财政陷入困境，德川吉宗实行享保改革（享保の改革）暂时恢复了财政，却又再度恶化，在这之后的寛政改革（寛政の改革）、天保改革等企图改善，但却未解决根本。伴随著货商经济的发展，化政文化（化政文化）等的町人文化（町人文化）盛行的另一边，以往以米的年贡（年贡）为基本收入的大名与旗本转为贫穷化。大名实行藩政改革（藩政改革），长州藩与萨摩藩在靠此改革成功后被称呼为雄藩（雄藩）。
到了末期时称为幕末，被欧美各国逼迫开国，经由佩里来航而签下了日美神奈川条约（日米和亲条约）等不平等条约使得锁国崩裂。随著开国尊皇攘夷的思想强烈，成为半内乱状态后幕府的权威弱化，终於最后德川庆喜实行大政奉还而将政权归还给朝廷。
[编辑] 明治时代
主条目：明治
明治天皇明治年间（1868年 - 1912年）称为明治时代。
经过王政复古大号令及戊辰战争后，拥戴朝廷的诸藩，成立了明治大日本帝国政府。新政府积极引入欧美各种制度及废藩置县等等，这些各项改革被称为明治维新。一方面，新政府确立国家制度，如设立帝国议会及制定大日本帝国宪法；一方面，又以培植产业及加强军力（富国强兵）为国策推进，急速地发展成近代国家。此外，日本又在甲午战争及日俄战争中取得胜利，成为列强其中的一角。在确保国际地位的同时，於1879年染指清朝朝贡国琉球国，并改设为冲绳县。后1910年吞并朝鲜。
文化上，日本从欧美传入了新的学问，艺术；带有未曾在日本出现过的个人主义小说，文学閞始出现，与江户时代以前不同的文化展开了。宗教上，改变了以往神佛合流的现象（神佛分离），出现了打压佛教（废佛毁释）等等的运动。
[编辑] 大正时代
主条目：大正
大正年间（1912年 - 1926年）称为大正时代。
明治天皇於1912年驾崩，子嘉仁继位，改元大正，是为大正时代。大正元年，因为陆军倒阁而引起了第一次护宪运动(大正民主运动（大正デモクラシー），开始出现政党政治。
大正时代前期，发生了第一次世界大战，时为自明治维新以来日本国力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁摄政，数年后发生关东大地震，以及在国际会议中节节败退，使日本日渐艰难。
权贵与政党不断抗争，发生了第二次护宪运动，实行了全民普选（1925年）。亦由唯一的元老西园寺公望推荐首相，提倡「宪政之常道」。
[编辑] 昭和时代前期
（公元1926年至公元1945年）
主条目：昭和
在长崎投下原子弹产生的蘑菇云
1945年8月9日
东京铁塔1926年12月25日，大正天皇驾崩，皇太子裕仁继位，是为昭和时代。
昭和时代前期，政党政治日渐衰落，首相甚至会被人刺杀，军方渐渐掌握政权。
第一次世界大战时期，日本经济景气；但战后随著经济大衰退后，社会不安加剧。为了消除这种不安，日本开展了满州的殖民地化。可是，引起中国，美国的反响，抗日战争，进而第二次世界大战展开了。
[编辑] 昭和时代中期
亦称日本经济复活期（公元1945年至公元1972年）
参见：同盟国军事占领日本
日本投降诏书发出的同时，昭和天皇所信任的铃木贯太郎内阁总辞，授意与皇族东久迩宫稔彦王组阁，东久弥宫是皇后久弥宫良子的伯父。东久弥宫内阁，是日本历史上唯一的皇族内阁。天皇大命降下，那就是为了稳定变局。当时，东久迩宫内阁中，有前首相近卫文麿任国务大臣、重光葵任外务大臣。后来重光葵因故辞职，由前奉天总领事，元老牧野伸显的女婿吉田茂继任。
此时，盟军送来一位太上皇，那就是道格拉斯•麦克阿瑟，盟军总司令部要求罢免禁制不利皇室言论的内务大臣山崎岩，东久弥宫内阁於是总辞。成为日本史上最短命的内阁，寿命五十四日。
东久弥宫内阁倒台后，昭和天皇任命亲美英派的币原喜重郎组阁，昭和二十年（1945）十月九日，币原内阁成立。币原令人熟悉的就是二十年代的币原外交。
战后的政党如雨后春笋一样大量成立，包括日本自由党（总裁鸠山一郎）、日本社会党（片山哲书记长）、日本进步党（总裁町田忠治）、日本协同党（委员长山本实彦）、日本共产党（书记长德田球一）也恢复活动。翌年一月，盟军总部公布公职追放令，所谓公职追放令，就是要禁止战犯出任公职。
战后，第一次总选举在昭和二十一年（1946）四月十日举行，自由党得到141席、进歩党得到94席、社会党得到93席、协同党得到14席、共产党得5席、其余诸派38席、无党籍81席。自由党成为第一党，鸠山一郎正准备组阁之际，总部的公职追放令也烧到他身上，使他失去组阁的权力，於是他把自由党以及总理职位暂交给外务大臣吉田茂。
结果，吉田茂成为旧宪法下，最后一个被天皇大命降下而任命的总理大臣。他邀请前首相币原入阁，与进步党联合组阁。 战后在盟军的占领下，根据日本国宪法，天皇成为国家的象徵，国民主权与和平主义也在宪法中得到确立。日本国宪法下第一次国会大选，吉田的政党大败，以日本社会党为首的在野政党胜出，组成以日本社会党及民主党为首的联合内阁，社会党的片山哲、民主党的芦田均相继出任首相，可惜当时社会党内部左右派严重对立，而且又爆发昭电疑狱事件，这一个「中道政权」就这样倒台了。吉田茂再次重登相位，连续四次组阁，合共第一次组阁为日本史上唯一的。旧金山和约签定后，日本恢复了国家主权。
鸠山一郎复出后，与吉田茂对立，最后吉田茂在内外交困下，不得不下台，鸠山一郎以上台后立即解散国会为条件与在野党妥协组阁，大选以后再次组阁，时已经分裂了的左右社会党合并，再次结成日本社会党。鸠山一郎再次结合他的民主党及自由党，结成自由民主党，时称为保守合同。1955年的选举，自由民主党得到过半议席，日本社会党成为最大在野党，这一个政治生态一直持续到1993年，称为「五五年体制」。
鸠山一郎在促成日苏建交后退下来，由石桥湛山继任，谁知石桥组阁不久，身体出现重大问题，又不得不辞职，最后由曾被指为战犯的外务大臣岸信介继任。岸信介的目的，其实是为了要修改日美安保条约，为此，革新与保守两大势力进行最终对决，爆发日本现代史上最大规模的社会运动「安保斗争」。其后，日美安保条约修订自然生效后，岸信介退任，由吉田茂的得意弟子，通产大臣池田勇人继任。
池田上场后，面对岸信介所留下的社会对立局面，他提出「宽容与忍耐」口号。经济高速增长（尤其在1960年代池田内阁时期，所得倍增计划得到实现），还被称为经济大国。池田连续三次组阁，甚至与同属吉田茂门下的佐藤荣作在自民党总裁选举中竞争，最后因患上喉癌不得不辞职。佐藤荣作继任。佐藤组阁后，把冲渑县回归日本，并在池田打下的基础上继续发展，日本的经济进一步上扬。
[编辑] 昭和时代后期
（公元1972年至公元1989年）
佐藤荣作连续四次当选自民党总裁，并连续三次组阁，任期也超过了恩师吉田茂及明治时代的桂太郎。他宣布引退后，自民党有五人参选党总裁，分别是佐藤派的田中角荣、大平派的大平正芳、福田派的福田赳夫、 三木派的三木武夫，四人参与总裁选举。结果只有田中与福田二人出线，世称为角福战争，田中角荣成功拉拢大平、三木以及中曾根（康弘）结果以击败福田当选总裁组阁。
田中角荣最重要政绩，也是日本与中华人民共和国建交、日本列岛改造计划。同时田中被指责的是金权政治。自此自民党走入一连串的弊案之中。昭和四十九年(1974)十月，文艺春秋刊出「田中角荣研究 他的金脉及人脉问题」，引来党内及国会的追究。田中在同年十一月宣布辞职。
自民党副总裁椎名悦三郎召见大平正芳、福田赳夫、三木武夫、中曾根康弘。指定由三木武夫继任总裁，世称椎名裁定。三木武夫组阁后，美国白水门案所引发的余波，揭发了洛瓦希德事件。田中涉及贪污丑闻。三木武夫企图拿此事向田中角荣开刀。结果引来党内大派系组成举党协，推举福田赳夫为继任总裁，结果在众议院选举中，自民党大败，三木辞职，由福田赳夫继任。
福田赳夫原本与大平正芳有密约，福田把党务交给大平，许诺只做一任，会让给大平。但福田背约竞选连任党总裁，大平参选。结果在初选中压倒性击败福田，福田宣布退选。大平组阁。
翌年众议院选举，自民党由於一连串的丑闻落败。福田、三木、中曾根三派要求大平辞职，大平得到田中派支持而拒绝，引发四十日抗争。昭和五十四年(1979)十一月，自民党创党以来，首次在国会首相指名选举中，自民党党总裁与党员同时参与选举，结果大平在田中派以及小党新自由俱乐部支持下，在决选投票中击败福田赳夫组阁。
昭和五十五年(1980)，日本社会党、公明党、民社党提出内阁不信任动议，非主流派组成党风刷新联盟。要求整顿纲纪。但领导层的回覆不完整，结果非主流派态度强硬，结果在非主流的支持及缺席下，不信任动议以243对187通过，大平被迫解散国会，在选举中大平突然死去，由於大平之死，自民党大胜。最后由铃木善幸作为过渡人物组阁。
两年后，铃木善幸不连任，结果中曾根康弘当选党总裁组阁，中曾根带领自民党再次走向高峰，总裁任期也曾被延长一年，直指1987年宣布辞职，指定竹下派的竹下登继承总裁及组阁。
[编辑] 平成时代
（公元1989年至今）
主条目：平成
昭和天皇於昭和64年（1989年）1月7日驾崩，子明仁继位，驾崩隔日起（1月8日）改元平成，称为平成时代（1989年—）。
自民党受到里库路特事件所影响，竹下登内阁受到严重冲击。竹下登被迫辞职。由外相宇野宗佑继任。但由於宇野宗佑上任后被爆出与艺姬桃色丑闻，加上民众不满里库路特事件及自民党政府施行消费税，三大问题严重冲击，结果在当年七月参议院选举大败。自民党当选席次创历史性新低。结果宇野内阁倒台。由海部俊树继任。
1991年末，海部俊树放弃连任，由宫泽喜一继任首相。翌年末，自民党竹下派的会长金丸信因案辞去竹下派会长之职，为了继任人的人选而分裂成为小渊派及羽田派。
1993年，由於自民党未能实现政治改革，羽田派在不信任案中造反引致大选。在羽田派、武村正义等人离党竞选下，自民党失去了国会过半的席位。以羽田派的核心人物小泽一郎的奔走下，成功拉拢日本新党的细川护熙。组成非自民非共产党的细川护熙八党联合内阁。五五年体制宣告瓦解，宫泽喜一辞去自民党总裁，由河野洋平接任。
翌年，以细川护熙下台。由新进党党魁羽田孜继任首相，但社会党脱离执政联盟。不到两月，羽田内阁因为不信任动议下台。尽管小泽一郎拉拢自民党的前首相海部俊树，但自民党执行部拥立社会党委员长村山富市组阁。在五五年体制之下对立的两大政党，於这个时候联手一致夺取政权。
1996年，村山富市下台，由自民党新总裁桥本龙太郎继任。社会党改名为社民党，改为於阁外合作。两年后，桥本内阁因为参议院选举大败而倒台，由小渊惠三继任。小渊惠三拉拢以前同一派系的小泽一郎(此时小泽已经建立自由党)与新公明党合作。
2000年，自由党脱离执政联盟，同时分裂出保守党继续留在执政联盟。小渊惠三中风入院未几死去，由干事长森喜郎在党内高层协议下继任。森喜郎任内形象低落，时常失言。宣布不再连任，小泉纯一郎与桥本龙太郎争夺自民党总裁，结果小泉胜出，开始了五年多的小泉时代。
2003年，小泽一郎的自由党与民主党合并，在众议院选举中，自民党夺得过半，而合并后的民主党在选举大有斩获。翌年的参议院选举中，民主党更越过自民党成为第一党。显示小泉的改革受到挑战。但2005年小泉的邮政改革案未被参议院通过后，解散众议院。成功把所有反对者打成反改革，自民党加上公明党夺得议会三分之二席次，稳夺国会的控制权(尽管参议院否决法案，但众议院三分之二再通过即为国会之决议)。
2006年，小泉表示不再连任，由官房长官安倍晋三当选新首相。安倍虽一反小泉反华的政策，但由於多位农林水产大臣身陷弊案，引致自民党在2007年参议院选举中受到空前惨败，当选数与1989年的参议院选举一样，更被在野民主党控制参议院。尽管内阁及党领导层改组，但状况百出，结果不得不下台。
福田赳夫之子、前内阁官房长官福田康夫当选自民党总裁，以老成持重举党一致执政，但执政一年，内阁仍无法提振民意支持度，来届众议院选举只余下一年不到，宣告倒台，由四次参选党总裁选举、曾在安倍及福田时代出任干事长的麻生太郎以在国民的人气得到党内支持而当选组阁。
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