1、机构不同：
烟草公司负责销售的机构，专卖局是行政机构。
2、考试内容不同：
烟草局的正式人员不属于公务员编制。烟草公司和烟草局的考试是同期举行的，烟草公司考业务，烟草局考法律知识。
中国烟草行业实行专卖专营体制以来，在党中央、国务院的正确领导以及地方各级党委政府、各有关部门的大力支持下，充分发挥行业管理体制的优势，落实科学发展观，不断深化改革，强化专卖执法，推进科技进步，狠抓基础管理，促进了经济效益不断提高。
烟草局的主要职责：
1、拟订烟草行业发展战略、规划和政策，调整产业结构，促进行业合理布局。
2、依法实施烟草专卖管理，查处违法、违规案件，依法查禁和关停计划外烟厂，保护合法经营。
3、组织贯彻执行国家财务会计制度，依法对所属企业的国有资产行使出资人权利，经营和管理国有资产，承担保值增值责任，管理监督烟草行业财务资金，组织实施烟草行业内部审计工作。
以上内容参考：百度百科-烟草局
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