初期时平级的关系，后来是上下级。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达。
皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
明朝中后期东厂权力在锦衣卫之上，只对皇帝负责，不经司法机关批准，可随意监督缉拿臣民，从而开明朝宦官干政之端。
扩展资料：
东厂官员设置：
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常由司礼监中排名第二或者第三的秉笔太监担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。
东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。在文献记载中可以发现，东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。
例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
东厂第一任厂主已不可考，《明史·成祖三》记载“是年，始设东厂，命中官剌事。”
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。到了明末，东厂也有了自己的监狱。
锦衣卫简介：
锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年（1382年），裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。
作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，[1] 从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情。
其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
有明一代，锦衣卫一直存在。延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。清朝入关以后，仿效明朝制度，仍然设立锦衣卫。顺治二年（1645年），改称銮仪卫。清朝的锦衣卫仅存在一年。
影响：
厂卫的主要任务之一是监视官僚系统。至于社会上层人物的隐私，以至“家人米盐猥事”，很难躲过厂卫的耳目，多在宫中传笑。厂卫对民间的监视，尤其是针对富民的监视，也无孔不入。
吴养春靠黄山收息，是徽州有名的富户。他的家仆告他私占黄山，历年所得租税计六十余万金。吴养春被逮至京，照数追赔，他本人被拷打而死，妻女自缢，家产尽收。郡中许多富户也因受牵连而破产。一般来说，专权宦官同外朝官僚、同民间富户的关系都是很紧张的。
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