山东建筑大学土木工程学院的机构设置丰富多样，涵盖了多个领域。学院内部设有专门的教研室，包括钢筋混凝土教研室、钢结构教研室、结构力学教研室、地基与基础教研室等，这些教研室致力于提升教学质量，为学生提供深入的专业知识教育。
此外，学院设有七个实验室，如结构工程实验室、土木工程材料实验室、土力学实验室等，这些实验室为学生的实践操作和科研项目提供了先进的实验设备和平台，支持理论知识的实践应用。
在科研机构和开发实体方面，学院拥有工程结构研究所、钢结构技术研究所等，专注于结构工程、钢结构技术等领域的研究与开发，推动技术创新。同时，预应力技术开发中心、岩土工程研究所、道路工程研究所等也致力于解决实际工程中的关键技术问题。
学院特别注重与实际应用的紧密结合，设有两个省级工程技术研究中心，分别是“山东省土木结构诊断改造与抗灾工程技术研究中心”和“山东省绿色钢结构工程技术研究中心”，这些中心在技术研发和成果转化方面发挥着重要作用。
土木工程学院始建于1958年，其前身是山东建筑工程学院建筑工程系。1998年，国家教委进行本科专业调整，原建筑工程和交通土建工程等专业合并为土木工程专业，建筑工程系相应更名为土木工程系，2002年4月成立土木工程学院。