纯粹凭侥幸入关的满清在肃清明朝最后一个政权，就是在吴三桂将永历帝朱由榔勒死在逼死坡之后，这一年正好是康熙元年，这以后，明宗室再也没有退出新的帝位继承人，在形式上宣告明王朝正式灭亡。
虽然，前一年，永历部将郑成功凭借坚船利炮收复台湾并且稳定下来，但是旋即暴死，继位的郑经一样遵从永历，但是不知道永历已经罹难，在以后知道以后也没有继续拥立宗室，只是延续永历年号，直到永历三十七年。对于满清来说，历经十余年腥风血雨终于消灭了明朝帝统。大清一统的局势基本稳固了，对于不满十岁、新即位的康熙来说，未尝不是一件好事，虽然这个时候康熙还是小屁孩一个。
可能他做梦都没有想到，消灭明室帝统之后，本想着高枕无忧的康熙此后被另外的明室宗室“朱三太子”恶心了一辈子，如影随形，这位神通广大的朱三太子无所不在，几十年间抓不完、杀不尽，时不时的要冒出来提醒一下康熙，我还活着！即使这样，所有冒出来的朱三太子都无权无势，仍然让康熙如芒在背，害的康熙差点没有活过这位朱三太子。说起朱三太子，他现在的著名的恐怕来自于电视剧中的渲染，最出名的就是《康熙王朝》，因为这部电视剧的传播，对里面的朱三太子影响颇深。其实呢，这个朱三太子只是困扰康熙的其中一位。
先说一下，所谓的朱三太子，自然大家都默认是崇祯皇帝的第三个皇子，但是呢既然这样的话，那么朱三太子只有一个，怎么会困扰康熙一生？通过查史料，崇祯一共有七个皇子，其中到李自成攻入北京时候，仍然在世的只有三位，即太子朱慈烺、永王朱慈炤、定王朱慈炯三人。既然有三人，那么朱三太子具体指的是哪一位？歪史认为或许两种可能，首先，太子朱慈烺很早就被立为太子，但是后来在李自成军中失散，或许名将他们三人合成朱三太子，这里面三指的是数量而不是排行。另外一个就是指的排行，那就是实打实的第三子朱慈炯。
哪一种的可能性更大？是三位太子合称还是三皇子的独称？其实，在明宗法社会下，如果平常称赞将他们连称也没什么大碍，但是既然跑出来的自号为朱三太子，那不存在合称的可能。也就是只剩下一种：那就是排行，重要的是第三子朱慈炯确实没有任何确切死亡的记载，即他仍然可能活着，这就有了极大的号召力。当明宗室仍然有台面上的法统存在时候，朱三太子一直是隐忍不发的。他也没有存在的必要。但是当永历被逼死以后，明宗室没有台面上的人物来支持民间的情绪要求，于是可能活着的三太子就浮出台面，最少给广大的反清需求一个安慰。
第一个举起朱三太子的大旗的就是杨起隆，康熙十二年，这位起手式就很高的他一鸣惊人，在北京自称三太子，密谋攻入皇宫，虽然因为种种原因还没有开始就失败，最后仓促逃亡，多年后在陕西的有一个冒充朱三太子的人被清兵抓住，于康熙十九年被处死，原因是他冒充杨起隆，但是被认出来，即是不是朱三太子，还是被清兵抓住处死。而后，康熙十六年，福建的蔡寅又打着朱三太子的名义起事。康熙四十三年，两江一带都有打着朱三太子旗号的人起事；康熙四十六年，又是两江一带同时出现打着朱三太子的反清势力。
大陆还不算，最后一次有记载的远在台湾的朱一贵，也打着朱三太子的旗号其实，这一年是康熙六十年，所以说朱三太子，陪着康熙玩了一辈子，而康熙也没有抓到真正的朱三太子。虽然没有抓到朱三太子，但是，在追杀朱三太子的时候，意外地抓到了已经七十多岁的永王朱慈炤，亲口承认是崇祯四子，于是被满门抄斩于北京！
隔年康熙也死了。如影随形的朱三太子也宣告暂时落幕，然而反清并没有停止！
历史上折磨了清朝三代皇帝的“朱三太子”是谁？一般认为有两种说法，一种是明思宗崇祯帝朱由检之子朱慈炯，然而也有另一种说法，当时，李自成破城之时，朱由检逃至城外，找棵树上吊，而他的子孙全部被除，这些所谓的朱三太子朱慈炯，只不过是有人打朱明后裔的旗号，招揽人马的。
李自成攻入北京城后，崇祯领了盒饭，但当时明朝还没有完全灭亡，李自成抢了吴三桂老婆后（一说是李自成手下抢得），吴三桂领清兵入关，清兵经常屠城，加上满清的剃发易服令，要汉人剃成老鼠头发辫，而汉人认为身体发肤，受之父母，剃发是一种相当羞辱的事。
民间反清复明之势此起彼伏，此时出现了只人马，自称是崇祯帝第三子，打正朱三太子的旗号，招揽人马，并以朱慈炯之名示人，一时间，朱三太子的人马发展很快，但也有人说，这个朱三太子是假的，为何会有人说是假的哪？康熙年间，民间出现了十几起朱三太子案。
李自成攻入北京城之时，崇祯的家室部分已经被崇祯所杀，另一部分，已经被带入民间，吴三桂投降满清后，清朝入主北京城，之后，明朝出现几个小朝廷，直到吴三桂在云南杀死，南明最后一个皇帝永历帝，明朝彻底灭亡，明朝虽然灭亡，但是民间思明之心，非常强烈。
于是出现了很多，打着反清复明旗号的起义军，比如逃到台湾的郑成功等，而在大陆虽然已经没有明朝政权，但民间反清力量也存在。
于是就出现了很多打着朱三太子旗号，拉人马的现象，这些人号称是朱三太子，很容易就拉起了反清复明的人马，但被满清铲除后，又反复出现朱三太子，而这些朱三太子案中，最出名的要数”杨起隆案“，不过这位朱三太子，也被满清所擒，送至北京后，被处决。
朱三太子是真是假，已经无从考证，不过从康熙年间，出现的十几次朱三太子案来看，大多数是假的。