公平理论与不同参照物进行对比的思路，对薪酬管理具有重要的影响。员工与组织内部同事进行比较产生公平感的思想，有力地支持了薪酬设计的“内部一致性”原理；员工与组织外部类似员工进行比较产生公平感的思想，有力地支持了薪酬设计的“外部竞争性”原理；员工要求组织对薪酬政策公开、透明产生的有序公平感思想有力地支持了薪酬设计的“管理可行性”原理。
企业薪酬管理中的不公平现象
（一）缺乏科学合理的岗位价值区别体系
很多企业缺乏系统的薪酬管理体系，在进行薪酬设计时没有进行科学的岗位评价，不能合理地确定员工的岗位价值，没有结合员工的努力程度、技能水平、风险程度等因素设计薪酬等级。在进行岗位评价时，过多地依赖于主管的主观评价，带来了一定的人为偏差。当员工感觉到自己的付出没有得到相应的补偿时，员工的工作士气和工作积极性就会下降，开始不再专注于工作质量转而重视与主管的关系。一旦员工的不公平感开始持续累积时，离职倾向就会成倍增加。企业进行重新招聘、培训的成本会随着离职率的增加而上升，最终企业绩效会受到极大的冲击。
（二）内部薪酬分配不合理
企业在处理内部薪酬的分配时，通常都是通过制定合理的薪酬结构和薪酬等级级差来实现的。企业内部薪酬结构指的是薪酬的各构成项目及各项目所占比例。一个合理的薪酬结构应该包含基本薪酬和可变薪酬部分并合理确定二者占比。薪酬等级级差是指相邻薪酬等级之间的差额。公平理论的内部公平强调了员工与内部相似职位员工进行比较所获得的公平感。薪酬结构不合理、薪酬等级级差过小，那些处于同一职级但从事高风险、复杂性工作的员工就会产生不公平感，最终可能会导致员工频繁换岗甚至离职；相反，薪酬结构不合理、薪酬等级级差过大时，那些从事简单工作的员工会因为薪酬差距过大而产生不公平感，导致工作效率下降或者离职。
（三）薪酬水平与外部市场失衡
员工对外部公平性的比较主要集中在对其他企业中从事和他相似工作的员工所获得的工资水平的关注。这种比较的结果可以影响一位新的求职者做出是否加盟一家企业的决策或对现有员工是否会产生离职倾向影响。可见,外部公平性在很大程度上会影响不同企业间员工的流动性问题，关系到一个企业是否能够吸引高素质员工，是否能够继续留住现有优秀员工。
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（四）可变薪酬的确定没有基于绩效考核
很多企业在薪酬设计时存在着较为普遍的问题是绩效薪酬没有明显差异，无法明确地体现出员工个人的努力程度和对组织的贡献大小。作为可变薪酬的奖金，往往很笼统地按照员工的等级和资历来确定甚至平均发放，使绩效考核成为了一种形式，这样一来努力工作的员工就会通过比较产生不公平感。可变薪酬原本对企业员工就有很强的激励作用，加之其衍生出来的公平感，使得可变薪酬的激励性被成倍放大，如果企业的可变薪酬确定没有基于合理的绩效考核，那么企业很难发挥出薪酬真正的激励作用。
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