堀口正雄罪行主要是体现在细菌战上，二零一四年八月中央档案馆公布了日本战犯部分人员罪行供述书，其中包括堀口正雄的罪行供述。在罪行供述中，我们能够看到其中绝大部分都是关于向“七三一”部队输送活体实验者。堀口正雄罪行一，一九三七年八月，堀口正雄将一名缴械被俘虏的抗日联军爱国分子秘密押送到敦化县西侧炮台的一片山高地，亲自执行命令，命部下一名宪兵用日本刀将其砍头，现场血腥暴力。堀口正雄罪行二，一九三八年八月一日至一九三九年八月，将治下逮捕的八名爱国战士刑讯拷打审问，之后将其中三名人员送到特委处分，也就是送到了七三一部队做人体试验。堀口正雄罪行三，一九三九年六月，堀口正雄命令手下宪兵队将一名中国人刑讯拷打致其死亡，又命令其他人在夜间的时候把尸体送到了山上掩埋，毁尸灭迹。堀口正雄罪行四，堀口正雄命令手下枪击一名中国人，并致其死亡，之后又让人在黑夜中弃尸于牡丹江。堀口正雄罪行五，一九四二年八月至一九四三年八月，一年时间内，一共逮捕了八十多名抗日分子，上书宪兵总司令批准指令，将其中二十多名人送到了七三一部队。
据国家档案局网站消息，国家档案局今日在其网站公布了日本侵华战犯堀口正雄自供，其中提到，1938年末—1939年8月，其将逮捕的爱国者8名进行拷问审讯后，其中“3名以特殊输送(特委处分)哈尔滨第731部队”。据堀口正雄1954年8月笔供，他1901年出生，日本东京都人。1937年起到中国东北参加侵华战争，曾先后任日本新京宪兵队敦化宪兵分队队长，锦州宪兵队中佐队长等职。据堀口正雄1954年8月笔供，他1901年出生，日本东京都人。1937年起到中国东北参加侵华战争，曾先后任日本新京宪兵队敦化宪兵分队队长，锦州宪兵队中佐队长等职。重要罪行有：1937年8月，将1名被俘抗日联军爱国分子“押到敦化县城西侧炮台山高地，命令部下宪兵军曹用日本刀进行砍头惨酷行为”。1938年末—1939年8月，将逮捕的爱国者8名进行拷问审讯后，其中“3名以特殊输送（特委处分）哈尔滨第731部队”。1939年6月，手下宪兵队的刑讯拷打致1名中国人死亡，“命令利用夜间把尸体送到山中埋上了”。1939年8月，部下在抓捕中枪击致1名中国人死亡，命令“利用黑夜把尸体投弃于牡丹江河中”。1942年8月—1943年8月，共逮捕抗日人员约80名，其中“经宪兵司令官的批准指令送哈尔滨第731部队约20名”。根据堀口正雄简介，我们可以看到，他是一个穷凶极恶的战争犯，为了战争的推进，协助了令人发指的七三一给水部队计划，也就是细菌实验。在担任宪兵队长时期，借助职务便利，将一部分关押人员送到七三一部队。
堀口正雄简介中，也讲述了堀口正雄进行供认罪行，现存其资料图为一九五六年的最高军事法庭现场，被告人堀口正雄站在被告席上，他已经承认了在中国二战时期犯下的罪行，法庭正在将能够控告堀口正雄罪行的一些档案和罪行一一展示给他看。包括从民间搜集的证人证词以及被害人控告书等物，看到这些无法磨灭的证据，堀口正雄终于从内心认识到了自己的罪恶行径，看到了自己的细菌战行为对百姓的迫害，这种并不是战争伤亡的屠杀让人无法给与人性的直视，他和那些一起犯下罄竹难书罪行的战犯一起，真心忏悔。
