根据上述职责，市科技工贸和信息化局设27个内设机构：
（一）办公室。
负责有关文件审核、督办、会议、文电、档案、接待、后勤保障、局网站建设和维护等机关日常工作；承担信访、信息、机要、保密等工作；承担机关财务、资产管理等工作。
（二）综合法规科。
组织起草综合性材料及文件；承担法规规章、规范性文件、重要文稿及对外协议的起草或审核工作；规范本局行政审批事项和行政执法行为，承担行政复议及应诉工作，组织行政处罚听证；负责政务公开、协调宣传、新闻等工作；负责综合协调工作。
（三）产业政策与规划科。
贯彻落实国家、省相关产业政策和科技创新政策；综合拟订科技、工贸等中长期规划和年度计划，拟订和编制工业、商贸流通业和信息化的产业规划及产业政策并监督执行；提出推进科技创新、产业结构调整、融合发展及管理创新的政策建议和实施方案；承担市自主创新工作联席会议日常工作；开展产业调研；组织软科学课题研究。
（四）经济运行与统计监测科。
监测、分析工业商贸运行态势，研究提出近期工业商贸经济主要预测性指标；负责日常经济运行调节，研究提出调控目标和调控建议；组织解决经济运行中的重大问题和生产中涉及的政策性问题；承担重点企业监测、收集、整理、发布、分析经济和科技领域基础数据工作；负责对外贸易、利用外资、服务贸易等监测、统计和分析工作；牵头组织科技进步考核工作。
（五）计划科。
负责编制工业发展资金、节能专项资金、科学技术研究与开发资金、中小企业扶持资金等各项资金中长期使用规划和年度安排计划；负责各类资金计划的协调和综合平衡；承担申报预算、资金切块、核拨资金的工作；负责组织开展资金使用绩效评价。
（六）审批科（行政服务对外窗口）。
受理本局面向社会的行政审批事项;承担有关的证书、批复文件的办理、转报和发放等工作；承担与业务受理有关的政策及办理情况咨询工作；负责各项审批事项的年审工作。
（七）高新技术产业科。
编制实施高新技术发展及产业化的规划和计划；组织实施高新技术领域科技攻关及高新技术产业化项目；组织申报与协调管理国家和省高新技术及产业化项目；协调高新技术产业开发区等园区的建设，组织申报高新技术产业基地；会同有关部门申报和认定创新型企业和自主创新产品；组织申报高新技术企业和高新技术产品；组织实施国家、省、市创新基金（资金）项目。
（八）科技成果科。
拟订科技成果评价、登记、科技奖励、技术保密的管理办法并组织实施；承担科学技术奖励和评审委员会办公室日常工作，指导科技成果信息库和专家库建设；承担技术合同认定登记；负责技术性收入免征营业税初审；编制和组织实施年度科技成果重点推广计划和重点新产品计划；指导和监督技术市场，承担科技服务行业管理工作；指导科技专业镇的技术创新；配合有关部门开展科普和科技人才工作；负责社会发展及民生科技工作。
（九）产学研合作科。
牵头拟订产学研合作的政策措施，编制产学研合作发展规划和年度计划，组织实施产学研合作专项资金项目；负责组织产学研创新联盟、产学研结合示范基地和产学研创新平台建设；负责组织重大科技项目攻关；推进企业科技特派员计划；认定和扶持市公共实验室，扶持国家重点实验室在我市建立分支机构；负责科技企业孵化器的认定和管理；组织高校和科研院所与我市企业进行项目（技术）对接；推动建立以企业为主体、产学研紧密结合的技术创新体系；承担珠海市促进产学研合作领导小组的日常工作；承担高等院校和地方的合作工作。
（十）知识产权科。
研究专利发展战略，协调知识产权方面的重大问题，承担市知识产权联席会议的日常工作；组织有关知识产权的宣传、培训工作；负责知识产权专项资金的申报、管理和使用，组织落实专利奖励、专利申请资助、专利实施计划和知识产权优势企业培育与认定等相关工作，指导企业开展专利工作和技术保密工作；组织开展专利行政执法；提供知识产权政策法律咨询，指导和监督知识产权社团、专利中介机构；配合涉外专利纠纷、因知识产权纠纷引起的反倾销调查相关工作。
（十一）技术改造与技术创新科。
推动企业技术改造和技术创新体系建设；指导企业质量管理、品牌建设和工业设计；承担企业技术中心、工程技术研究开发中心、科技基地组建和认定的相关工作；组织审查、上报和办理需经各级审批、核准、备案的技术改造投资项目。
（十二）资源与综合利用科。
指导节能降耗工作，制定节能降耗相关规划、政策并组织实施；组织协调推动循环经济、资源综合利用工作；推动企业开展自愿清洁生产工作；承担全市能源供应保障和开发利用的协调工作；指导新能源、可再生能源的开发利用；依法实施电力、煤炭、成品油行业管理；指导市节能监察中心工作。
（十三）工业与园区发展科。
指导推进工业园区合理布局、工业进园和产业集群发展；综合协调推进产业转移工作，承担市推进产业转移和劳动力转移领导小组的日常工作；实施原材料、装备、消费品、民用爆炸物品制造等工业行业管理；承担履行《禁止化学武器公约》的相关协调工作；承担国防科技工业的综合协调、管理和科技装备动员工作。
（十四）中小企业与民营经济服务科。
贯彻落实中小企业和民营经济发展的法律法规和方针政策，掌握本市中小企业和民营经济动态，研究提出相关的政策措施；指导全市中小企业社会化服务体系（公共服务平台）和信用担保体系建设；推进中小企业融资工作；负责落实相关专项资金；负责民营科技工作和中小企业科技金融工作；指导中小企业服务中心工作。
（十五）生产服务业科。
组织拟订会展、物流、信息服务、技术服务、商务服务等生产性服务业政策和发展规划并组织实施；承担物流行业管理工作；推动服务业和制造业融合发展；推进生产性服务业功能区、服务机构、公共服务平台建设。
（十六）市场体系建设科。
拟订健全、规范市场体系的政策；拟订商品交易市场规划并指导城市商业网点规划、商业体系建设，推进农贸市场升级改造；承担规范市场经济秩序的相关工作；培育发展城乡市场，推进农村市场和农产品交易体系建设；监测分析商品市场运行状况，进行预测预警和信息引导；建立健全生活必需品市场供应应急管理机制；承担部分重要消费品储备（肉、食糖等）的管理和市场调控工作。
（十七）商贸流通科（市酒类专卖管理办公室）。
拟订流通服务业的行业发展规划，组织推动流通业产业结构调整和流通体制改革；对商贸服务业（含批发、零售、餐饮业等）进行行业管理；推行连锁经营等现代流通方式；指导和管理再生资源回收工作、依法对拍卖、典当、汽车流通和旧货流通业等进行监督管理；承担酒类流通、生猪屠宰行业管理的相关工作；承担盐业行业管理工作。
（十八）经济技术合作科。
指导、帮助本市企业开拓国内外市场；研究并拟订对外经济、科技合作与交流的政策措施；负责国家、省科技管理部门国际科技合作项目和“国际科技合作基地”的申报和管理工作；负责科技兴贸工作；协助政府间及有关国际组织间的科技合作相关工作；依法审核或转报市内企业对外投资开办企业（金融企业除外）；负责技术进出口和软件出口的登记工作；负责协调、管理驻国（境）外的各类经营机构，指导海外市场开发并规范经营秩序；依法管理和监督对外承包工程、对外劳务合作、对外援助，负责外派劳务和境外就业人员的权益保护工作；承担境外就业管理职责；负责全国各地、中央各部门、各企业在珠海设立办事机构的协调管理。
（十九）外贸发展科。
推动实施出口市场多元化战略；管理境内外经贸交易会、展览会以及赴国（境）外举办展销会、洽谈会等活动；承担进出口企业经营资格及国际货运代理资格备案工作；依法审核企业申请限制类商品进出口经营资质；组织实施重要工业品、原材料和重要农产品（除粮食、棉花外）进出口计划以及进出口商品配额、关税配额计划；根据授权办理有关进出口许可证事项；协调对台贸易和供应港澳的配额商品工作；负责协调、落实出口退税、外汇核销、出口信贷等工作；负责外贸出口专项资金的管理和组织实施；指导和管理珠海市进出口商会工作。
（二十）加工贸易科。
贯彻执行国家和省颁布的加工贸易政策法规和实施意见，审批、核准市属权限的加工贸易业务;宏观管理和指导全市加工贸易工作，编报我市外商投资企业涉及国家实行配额许可证管理商品的年度进出口计划并组织实施；指导和组织实施加工贸易企业扩大内销、延伸产业链等各项计划，推动我市加工贸易实现转型升级；统筹全市各类海关特殊监管区域的联动发展工作，协调解决各类海关特殊监管区域发展中的重大问题。
（二十一）公平贸易科（市机电产品进出口办公室）。
管理和执行国家颁布的机电产品进口目录，签发机电产品进口自动许可证；负责机电产品国际招标的监督和协调办理授权的许可事项和相关转报事项的审核工作；承担促进机电产品开拓国际市场的有关工作；办理对外贸易经营者备案登记手续；起草公平贸易方面地方性法规、规章草案；会同有关部门处理涉外知识产权和贸易纠纷；负责反倾销、反补贴、保障措施和产业损害调查等涉及进出口公平贸易的相关工作；指导应对国外技术贸易壁垒；负责公平贸易专项资金的管理和组织实施；负责征信体系建设相关工作；负责CEPA相关政策的宣传、落实和检查工作，负责与CEPA上级主管部门和港澳有关机构的沟通、对接。
（二十二）外资管理科。
拟订外商投资发展规划，拟订外商投资政策和管理规章；依据法律规定在权限范围内审批、核准、转报外商投资项目设立、合同章程及其变更事项；核发外商投资企业、港澳台投资企业批准证书及权限范围内鼓励类外商投资项目确认书，负责外商投资企业后续管理和服务工作；依法监督检查外商投资企业执行法律法规和合同、章程的情况并协调解决有关纠纷和投诉工作；拟订并组织实施服务外包发展规划、政策和企业认定工作；统筹指导全市外商投资项目审批工作；指导珠海外商投资企业协会工作。
（二十三）信息化推进科。
组织编制电子信息产业规划并组织实施；指导电子信息制造、软件和信息服务业的发展；贯彻执行国家、省有关电子信息产品及信息服务的技术规范和标准；推动软件产业公共服务体系建设；促进社会各领域信息化建设；推进电子政务建设；协调信息安全保障体系建设；负责组织实施电子信息技术领域各类别项目；指导软件企业认定和软件产品登记工作；指导市信息化办公室工作；承担市信息化工作领导小组的日常工作。
（二十四）无线电管理科。
编制无线电管理基础设施建设规划、计划并组织实施；负责市无线电频率的指配工作；依法管理无线电台（站）及站址资源；核发和审验无线电台（站）执照；管理无线电发射设备的研制、生产、进口和销售；组织无线电监测、检测工作；协调处理境内外无线电电磁干扰事宜;负责珠港澳边界地区无线电频率协调；依法组织实施无线电管制；保障重大活动无线电业务安全；依法实施无线电行政执法和监督检查；负责无线电频率资源占用费的征收和中央财政转移支付经费的使用和监管工作；指导市无线电监测站工作；承担市无线电管理办公室的日常工作。
（二十五）地震科。
贯彻落实国家和省防震减灾工作的方针、政策、法规和规章，拟订相关的地方性法规、规章并监督实施；组织制定我市防震减灾中长期发展规划和年度工作计划并组织实施；管理全市地震监测预报工作；管理全市地震烈度区划和震害预测工作；管理全市以地震动参数和烈度表述的抗震设防工作,指导和监督全市重大工程以及重要设施的抗震设防工作；指导全市各区防震减灾工作。
（二十六）人事监察科。
负责纪检、监察、审计、精神文明建设工作；负责机关和指导直属单位的党群、人事管理、教育、培训、安全保卫等工作；负责机关和指导直属单位离退休人员管理和服务工作；负责承担企业经营管理人才队伍建设的有关工作，统筹落实企业经营管理人才队伍建设规划，提出加强人才队伍建设的意见建议。
（二十七）新经济组织工作委员会办公室。
负责全市新经济组织党建工作的协调与指导；负责组织制定全市新经济组织党建工作发展计划、工作方案和相关措施；负责全市新经济组织党建工作有关数据的统计、汇总、上报工作；负责直属党组织范围内的党组织设置、党组织负责人的任免、奖惩的承办、党员发展与审批、接转组织关系等党务工作；负责指导、协调、督促市管党建指导员在各级党组织开展党建工作；负责中央党建领导小组秘书组珠海新经济组织党建联系点工作；负责调查了解全市新经济组织贯彻执行党的方针、政策情况，及时发现新情况、新问题，总结新经验，提出意见和建议供决策参考；负责编辑《党建新领域》（珠海市新经济组织党的建设联系点工作简报），编写新经济组织党建工作信息；负责新经济组织工作委员会机关日常行政事务工作。
