汉元鼎六年（前111年）设立高要县，梁天监六年（507年）置高要郡。高要县城自建县至1988年迁往南岸镇，一直是郡、州、府、路、专区之治所，曾是广州都督府、两广总督府、南明永历王朝、中华民国军务院驻地。1993年9月28日，撤县设市（县级）。
2000年，高要市辖19个镇：南岸镇、白土镇、白诸镇、大湾镇、活道镇、回龙镇、小湘镇、河台镇、蛟塘镇、金渡镇、金利镇、乐城镇、莲塘镇、禄步镇、马安镇、水南镇、笋围镇、蚬岗镇、新桥镇。 2002年，高要市辖19个镇（南岸、金渡、金利、蚬岗、白土、回龙、蛟塘、莲塘、活道、新桥、白诸、马安、大湾、禄步、笋围、小湘、河台、乐城、水南），324个村委会、26个居委会
2003年4月18日，撤销马安镇，并入南岸镇，全市由19个镇改制为18个镇，324个行政村，26个居委会，总面积2196平方千米。市政府驻南岸镇。总人口72.89万人，外来人口26441人。
2004年3月，高要市调整部分镇行政区划：撤销笋围镇，将其行政区划并入小湘镇；撤销南岸镇，设立南岸街道。 3月8日，南岸街道办事处成立并举行挂牌仪式。南岸街道办事处管辖原南岸镇区划，有6个居委会、10个村民委员会，面积为70.75平方千米。 撤销笋围镇，将其行政区划并入小湘镇工作在3月4日完成。撤销笋围镇并入小湘镇后，小湘镇人民政府管辖原小湘镇和笋围镇的行政区划，有2个居民委员会、19个村委会，面积200.43平方千米。
2011年，高要市辖1个街道（南岸街道）、16个镇（金渡镇、金利镇、蚬岗镇、白土镇、回龙镇、蛟塘镇、莲塘镇、活道镇、新桥镇、白诸镇、大湾镇、禄步镇、小湘镇、河台镇、乐城镇、水南镇），28个社区、324个行政村、2998个村民小组。
2015年4月，国务院批复同意撤销广东省肇庆市下辖的县级市高要市，设立肇庆市高要区，相关的行政区域界线、政府驻地均未做调整 。
