楼上回答的都是复制回来的，虽然正确，但楼主可能已看过，我就说点新鲜新闻的吧。
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。 事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授
100~101 初恋情人回忆事件[1998/05/11 初恋の人想い出事件]
看点:小兰居然不吃醋+柯南的紧张样+难得一见的简单手法
102~103 古装演员杀人事件[1998/05/25 &06/01 时代剧俳优杀人事件]
104~105 窃盗集团别墅事件[1998/06/08&15 盗贼団谜の洋馆事件]
看点:小兰漂亮的空手道,柯南和小五郎当时的表情
106 新闻照片杀人事件[1998/06/22 スクープ写真杀人事件]
107~108 鷃鼠星人之谜事件[1998/06/29 モグラ星人谜の事件 &07/06]
109 侦探团大追击事件[1998/07/13 探侦団大追迹事件]
110~111 烹饪教室杀人事件[1998/07/27 &08/03 料理教室杀人事件]
112 帝丹小学七大离奇事件[1998/08/10 帝丹小7不思议事件]
113 白色海滩杀人事件[1998/08/17 白い砂浜杀人事件]
114~115 有氧潜水杀人事件[1998/08/24&31 スキューバダイビング杀人事件]
看点:小五郎和妃的精彩表演,汗
116~117 推理小说家失踪事件[1998/09/07&14 ミステリー作家失踪事件]
看点:平次的短暂客串,柯南他们最后上了电视……
118 浪花连续杀人事件[1998/09/21 浪速の连続杀人事件 1H SP]*经典*
看点:和叶的登场.铁链子联盟,平次的受伤,当然还有意外的搞怪结局
119 假面超人杀人事件[1998/10/12 仮面ヤイバー杀人事件]
120 蜜蜂鸡尾酒杀人事件 [1998/10/19 ハニーカクテル杀人事件]
121~122 浴室密室事件[1998/10/26 &11/02 バスルーム密室杀人事件]
123 天气预报小姐诱拐事件[1998/11/09 お天気お姉さん诱拐事件]
124~125 神秘的狙击者杀人事件[1998/11/16&23 谜の狙撃者杀人事件]
126~127 旅行戏团杀人事件[1998/11/30 &12/07 旅芝居一座杀人事件]
128 黑暗组织10亿抢劫事件[1998/12/14 黒の组织10亿円强夺事件]
129 来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件[黒の组织から来た女&大学教授杀人事件 2H SP]*经典*
看点:连同上一集黑暗组织10亿元抢夺事件,《柯南》的转折性胜利,青山从此一步登天,收视率节节攀升.最大的看点是明美和哀的超人气登场.
130~131 竞技场胁迫事件[1999/01/11 竞技场无差别胁迫事件]
看点:事件本身没什么亮点,看点在于哀说的一番莫名其妙的话,让人浮想联翩.个人认为是青山整体剧本构思的一大转折.
132~134 奇术爱好家杀人事件[1999/01/25 &02/01&08 奇术爱好家杀人事件]
看点:客串+为《世纪末的魔术师》做广告的KID,艺术性的犯罪事件……
135 消失的凶器搜索事件[1999/02/15 消えた凶器捜索事件]
136~137 青色古城探索事件[1999/02/22 &03/01 青の古城探索事件]
看点:犯人被认为是最可怜的犯人之一,少年侦探团难得没帮倒忙的事件.还有步美的少女情怀,汗.
138~139 最后的上映杀人事件[1999/03/08&15 最后の上映杀人事件]
看点:案子+冷笑话+步美和哀靠在柯南身上的镜头+哀的名句
140 SOS!步美传达的讯息[1999/04/12 SOS!歩美からのメッセージ]
141~142 结婚前夕的密室事件[1999/04/19&26 结婚前夜の密室事件]
看点:平次和兰的情侣装?和叶终于接受了小兰……
143 疑惑的天体观测[1999/05/03 疑惑の天体観测]
看点:兰和园子等待流星~
144~145 上野出发北斗星3号[1999/05/10&17 上野発北斗星3号]
看点:优作和有希子的出场
146~147本厅的刑事恋物语[1999/05/24&31 本庁の刑事恋物语]
看点:佐藤开始作为吸引人眼球的次主角登场,高木也开始拥有了一批FANS,也验证了那句话,跟了青山久了,总有好果子吃.白鸟开始了人民公敌的生涯(汗),也是《柯南》从推理剧走向情感剧的一大转折
柯南提示:电动运动车
148 地上电车紧急煞车事件[1999/06/07 路面电车急停止事件]
149 游乐园高空弹跳事件[1999/06/21 游园地バンジー事件]
150~151 汽车爆炸事件的真相[1999/06/28 &07/05 自动车爆発事件の真相]
看点:难得小五郎认真破案,并伤心地指出真凶,就是小五郎以前的学生.
柯南提示:窗户
152 神秘老人失踪事件[1999/07/12 谜の老人失踪事件]
看点:结果那个小兰熟悉的老头是事务所楼下咖啡店的常客,汗
柯南提示:玻璃
153~154 园子的危险夏物语[1999/07/19&26 园子のアブない夏物语]
看点:园子小姐的春天来了,帅帅的空手道高手京极真,园子好福气
155 水中的钥匙密室事件[1999/08/02 水中の键密室事件]
柯南提示:蜡笔
156~157 本厅刑事的恋爱物语2[1999/08/09&16 本庁の刑事恋物语2]
看点:佐藤好受欢迎啊,高木压力要大了~
柯南提示:阿笠博士的新发明,仙人掌
158 沉默的环状线[1999/08/23 沈黙の环状线]
柯南提示:粉红色的原子笔
159~160 诡异的五重塔传说[1999/09/06&13 怪奇五重塔伝说]
柯南提示:绳子,钱包
161 空中的密室工藤新一首推理[1999/09/27 空飞ぶ密室-工藤新一最初の事件 1H SP]
看点:追忆性质,难得的新一作为主角.也是后面剧集的一个伏笔
柯南提示:防晕机药
162 流过流水亭的杀机[1999/09/20 流水亭に流れる杀意]
柯南提示:河豚鱼的白子
163~164 月亮星星太阳的秘密[1999/10/11 月と星と太阳の秘密]
看点:类似于HOLMES的推理小人案件.佩服青山的模仿能力.还有"太阳博士"
165 少年侦探队消失事件[1999/10/25 少年探侦団消失事件]
166~168 鸟取蜘蛛屋的怪物[1999/11/01&08&15 鸟取クモ屋敷の怪]
看点:死者死相最壮观的一话,平和迷不得不看,和叶的危机
169 维纳斯之吻[1999/11/22 ビーナスのキッス]
170~171 黑暗中的死角[1999/11/29 &12/06 暗暗の中の死角]
看点:新出老师首次登场……柯南吃醋的样子……172~173 复活的死亡讯息[1999/12/13&20 よみがえる死の伝言]
看点:兰好象有点怀疑柯南了……这话有点突破模式……刻画得很象犯人的人终于是犯人咯!还有女犯人最后说的那翻话……
174 20年的杀意新佛尼号连续杀人事件[2000/01/03 二十年目の杀意-シンフォニー号连続杀人事件 2H SP]*经典*
看点:2小时特别篇,传说兰是从这里开始第三次怀疑柯南的身份……"拜托你，不要丢下我孤单一个人好不好……"
175 被杀了四次的男人[2000/01/10 四回杀された男]
176~178 黑衣组织的再会[2000/01/17&24&31 黒の组织との再会]
看点:志保登场,不过被GIN打的很凄惨的说,哀的父母首次进入柯迷的视线,组织的目的更加迷离.
179 咖啡厅卡车突然撞入事件[2000/02/07 吃茶店トラック乱入事件]
180~181 红色的杀机夜想曲[2000/02/14 赤い杀意の夜想曲]
182 第九个门大搜查[2000/02/28 大捜索9つのドア]
183 危险的处方笺[2000/03/06 危険なレシピ]
184 诅咒假面的冷笑[2000/03/13 呪いの仮面は冷たく笑う 1H SP]
看点:公认的动画原创之最……意想不到的艺术犯罪手法……很值得一看……
185~186 被狙击的名侦探[2000/04/10&17 杀された名探侦]
187 在黑暗中传出的神秘枪声[2000/04/24 暗に响く谜の铳声]
188~193 命运的复活系列[2000/05/01&08&15&22&29 &06/05 命がけの复活] **超级经典**
看点:受伤的柯南,归来的新一,化装成柯南的哀,差一点成功的表白……激动人心的大餐!
194~195 别有玄机的八音盒[2000/06/12&19 意味深なオルゴール]
196 看不见的凶器．小兰的初次推理[2000/06/26 见えない凶器 兰の初推理]
看点:看标题就知道了.
197~198 超级汽车陷阱[2000/07/03&10 スーパーカーの罠]
199~200 嫌疑犯毛利小五郎[2000/07/17&24 容疑者毛利小五郎]
看点:大叔的大失态!最后的表白不错,可惜没成功的说
201~202 第10个乘客[2000/07/31 &08/07 10人目の乗客]
看点:无疑这集制作人很想做好,可惜心有余而力不足……剧情还算不错……乱而杂是这个事件的特征……还有犯人的动机实在……
203~204 伊卡尔斯的黑色之翼[2000/08/14&21 黒いイカロスの翼]
看点:景色描绘得很漂亮,诅咒假面中的双胞胎姐妹再次登场,但是剧情不怎么叫人看好……
205~206 本厅的刑事恋物语3[2000/08/28 本庁の刑事恋物语3]*经典*
看点:佐藤父亲的故事,高木和佐藤的恋爱故事层层递进,高木的希望指数呈现上升趋势
207 完美的名推理[2000/09/11 见事すぎた名推理]
柯南提示:录音带
208 朝向迷宫的入口·巨大神像之怒[2000/10/09 迷宫への入口?巨大神像の怒り 1H SP]
看点:动画原创特别篇第2弹,事件设计得很巧妙,但是手法叫人大跌眼镜,有点欺骗感情之嫌
209 龙神山坠落事件[2000/10/16 龙神山転落事件]
210~211 五彩传说的水底龙宫[2000/10/23&30 五彩伝说の水御殿]
212~213 蘑菇、熊和探侦团[2000/11/06&13 きのこと熊と探侦団]
看点:有点悲哀的事件,值得同情的犯人……光彦对哀的情感……
214 演讲厅神秘事件[2000/11/20 レトロルームの谜事件]
215~216 Bay of the Revenge[2000/11/27&12/04 ベイ·オブ·ザ·リベンジ]
217~218 尘封之目暮的秘密][2000/12/11 封印された目暮の秘密]
看点:目暮也秀了一把,出乎意料的结局,当然还有目暮的美丽太太
柯南提示:厚底鞋
219 名侦探的会集!新一vs怪盗KID[2001/01/08 集められた名探侦！工藤新一VS怪盗キッド 2H SP]**超级经典**
看点:新一的再次出现,并补充了剧场版基德发现新一身份的漏洞.还有《魔术快斗》里各人的出场.青山真会做生意的说(汗)
柯南提示:10元硬币
220~221 一直说谎的委托人[2001/01/15&22 伪りだらけの依頼人]
看点:平次的母亲一出场就语出惊人"自杀也是杀人!"剑道也超好一把(这是什么家庭啊),更重要的是大美女
222~224 人鱼又再度哭泣[2001/01/29 &02/05&12 そして人鱼はいなくなった]*经典*
看点:案件本身极为精彩,加上"宫野志保"名字的出现,再次掀起各种猜测.效果极好的易容术,平和的感情戏,难得的佳作
225 生意兴隆的秘密[2001/02/19 商売繁盛のヒミツ]
看点:被柯南粉丝骂得狗血淋头的一话,不知制作人是怎么想的,没有任何看点
226~227 格斗游戏的陷阱[2001/02/26 &03/05 バトルゲームの罠]
看点:朱蒂的话:"到了收获苹果的时候了,……就叫腐烂的苹果吧"
228~229 潜藏杀机的陶艺教室[2001/03/12&19 杀意の陶芸教室]
看点:小兰做的陶杯底下的话哦~
230~231 充满迷团的乘客[2001/04/16&27 谜めいた乗客]
看点:开头Gin,Votka,Vermouth的对话,神秘人物赤井秀一、朱蒂、新出……组织的,FBI的,罪犯,侦探,云集在一辆小小的巴士上.碰到这样的阵容,罪犯也算是倒了八辈子霉
柯南提示:巴士后视镜
232 公寓坠落事件[2001/05/07 マンション転落事件]
233~234 无法消失的证据2001/05/14&21 消えなかった证拠]
看点:少见的温馨的事件,还有那几条狗狗好可爱啊!(那条叫柯南的牧羊犬2年前病死了,嘿嘿,我们的柯南什么感受啊~)
柯南提示:坐垫的痕迹
238~239 大阪3K事件[2001/06/18&25 大阪“3つのK”事件]
看点:新一的痛苦抉择,是检验他从前说过的话的有力武器"如果罪犯是你身边的人怎么办?"
柯南提示:硝烟反应
240~241 新干线护送事件[2001/07/02 新干线护送事件]
看点:开头煽情的电话,新兰感情的新高潮……还有高木和佐藤的恋爱进阶……由美的"爱的入场券作战计划"(汗)
柯南提示:车内厕所
242 元太少年的灾难[2001/07/16 元太少年の灾难]
看点:中期难得的一集单话,了解到Gin是左撇子
243~244 毛利小五郎的冒充者[2001/07/23 毛利小五郎のニセ者]
245 向日葵馆的枪声[2001/08/06 ヒマワリ馆の铳声]
246~247 陷入网中的谜团[2001/08/13&20 网にかかった谜]
看点:哀的"海豚和鲨鱼"的话,兰的"勇气,是挺身而出的字眼",可惜没有最后的握手场面
248 治愈之森的不在场称证明[2001/08/27 愈しの森のアリバイ]
249~250 偶像们的秘密[2001/09/03&10 アイドル达の秘密（前编）]
看点:漂亮的女明星,居然还暗恋新一!大跌眼镜
251 OK牧场的悲剧[2001/09/17 OK牧场の悲剧]
252 在图画里面的绑架犯[2001/10/08 絵の中の诱拐犯]
253~254 本厅刑事的恋爱物语4[2001/10/15&22 本庁の刑事恋物语4]
看点:当然是佐藤和高木的进展咯~
255~256松江玉造连句十四回合定胜负[2001/10/29 &11/05 松江玉造连句14番胜负]
看点:题目很那个……对于爱好日本地理的旅游家可以看一下……
257 非常奇怪的天谴[2001/11/12 世にも奇妙な天罚]
258~259 来自芝加哥的男子[2001/11/19&26 シカゴから来た男]
看点:迷一样的男子,主要是最后赤井的情人之迷
260 摇动的餐馆[2001/12/03 揺れるレストラン]
261~262 降雪之夜的恐怖传说[2001/12/10&17 雪の夜の恐怖伝说]
263 大阪双重迷案 浪花剑士与太阁之城[2002/01/07 大阪ダブルミステリー浪速剣士と太合の城 2H SP]*经典*
看点:估计就是平次被打了镜头吧,呵呵.案子本身不错
264~265 法庭上的对决 妃VS小五郎[2002/01/14&21 法廷の対决 妃VS小五郎]
266~268 情人节的真相[2002/01/28 &02/04&11 バレンタインの真実]
看点:园子的恋爱作战大成功!兰和新一的痛苦恋情.可惜最后的情节被删了.
269~270 犯罪的遗物[2002/02/18 &03/04 犯罪の忘れ形见]
看点:哀的著名的话,柯南跑回家的镜头,赤井秀一在侦探所外面的监视.还有不翼而飞又送回来的毛利侦探的破案档案文件
271~272 情急之下的省略[2002/03/11 隠して急いで省略]
看点:X的意味,贝尔摩的神秘话语和射飞镖的动作
273 提问婆婆失踪事件[2002/04/08 クイズ婆さん失踪事件]
274~275 幽灵屋的真相[2002/04/15&22 幽霊屋敷の真実]
276 警察手册丢失事件[2002/05/06 警察手帐纷失事件]
277~378 英语教师对西方名侦探[2002/05/13&20 英语教师VS西の名探侦]
看点:朱蒂的身份之谜
279~280 迷宫的阴暗[2002/05/27 &06/03 迷宫のフーリガン]
看点:哀的心理变化,还说了好多话,哀迷必看~
281 小小的目击者[2002/06/10 小さな目撃者たち]
282~283 2002/06/17&24 水流るる石庭の怪]
284~285 中华街·雨中的似曾相识[2002/07/01&08 中华街 雨のデジャビュ]
看点:作为小兰回忆纽约事件的跳板,可以看到新一关怀小兰的剧情
286~288 2002/07/15&22&29 工藤新一NYの事件]
看点:与后面剧情发展有重大关联的重要一集!每个柯南迷都该好好品味三分
还有，但超字数了。请看博客：
http://qzone.qq.com/blog/114414261-1 http://coolconan.bokee.com/3745874.html