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两只在同一蛋群的异性神奇宝贝在一起就可以生蛋，蛋中的神奇宝贝通常是母方的最低型态。不过没有任何人看到过神奇宝贝蛋被生下来的那个瞬间，它就是凭空出现的，因此一般都表述为“发现神奇宝贝蛋了”。一般幼年神奇宝贝是无法生蛋的，但是进化之后就可以。另外传说中的神奇宝贝也是不能生蛋的。
除了在抚养家寄存神奇宝贝获得神奇宝贝蛋，一般在游戏中都可以通过剧情获得某些神奇宝贝的蛋。生蛋会有遗传的现象发生，获得蛋的同时，根据版本不同，所将要孵出来的神奇宝贝的大部分能力、特性、性格等等就都决定了。
尽管已经引进了时间的概念，但是神奇宝贝蛋的孵化并不根据时间决定，而是根据蛋在队伍中时，玩家所走过的步数。每走过256步，孵化周期就会减少一次，根据剩余孵化周期的不同，在状态卡中显示的蛋的状态也会发生变化。
第二世代
从第二世代开始引入孵化机能直到现在，这个系统基本上没怎么变过。玩家得到的第一个蛋就是神奇宝贝爷爷交给玩家的不可思议的蛋，在玩家把它交给空木博士之后，他会让他的助手在桔梗市把蛋交给玩家，说让蛋与队伍中的神奇宝贝在一起会有助于孵化。这个蛋会孵出波克比。
在抵达34号道路的抚养家之后，玩家就可以寄存两只相同蛋群的神奇宝贝，经过一段时间之后就可以获得蛋。
第二世代中，所有孵出的神奇宝贝都是5级，并且具有了那个等级可以学会的技能，以及父方掌握的技能机技能和蛋技能。在取得蛋的瞬间，这只神奇宝贝的性别和个体值就决定了，而异色在第二世代中是通过个体值判断的，因此这只神奇宝贝是否为异色神奇宝贝也就确定了。
这是唯一一个蛋的状态卡与普通神奇宝贝状态卡不同的世代，在那之后，蛋的状态卡与普通神奇宝贝的相同。
除了玩家自己的神奇宝贝生的蛋，游戏中可以获得以下神奇宝贝的蛋：
波克比：神奇宝贝爷爷赠送，在桔梗市获得。GSC
奇怪的蛋：抚养家夫妇赠送，可以孵出会迷昏拳的皮丘、皮宝宝、宝宝丁、巴尔郎、迷唇娃、电击怪或者小鸭嘴龙。在国际版中，它有14%的几率是闪光的，在日文版中，要从神奇宝贝交流中心用蛋票交换，有50%的几率是闪光的。C
第三世代
第三世代的孵化设定与第二世代相似，只增加了一点，携带特定熏香的特定神奇宝贝会孵出幼年神奇宝贝，比如玛力露或果然翁携带特定熏香之后，就会生出露力丽或小果然的蛋。第三世代中蛋群数量没有变化，也没有神奇宝贝所在的蛋群发生变化。而在取得神奇宝贝蛋的瞬间，其性别、性格、特性、个体值全部都确定了。
在绿宝石中，追加了母方携带不变之石就可以影响性格遗传的设定，另外有岩浆防护或者火焰体特性的神奇宝贝在队伍中的话，蛋的孵化速度会变快。另外在发现蛋的瞬间（与是否取走蛋无关），神奇宝贝的性别、性格和特性就确定了，而在取走蛋的瞬间，才会决定其个体值。
因此种部分决定的方式而出现了甄选神奇宝贝的特殊方式。
除了玩家自己的神奇宝贝生的蛋，游戏中可以获得以下神奇宝贝的蛋：
小果然：釜炎镇的老夫妇赠送。RSE
波克比：水之迷宫的老人赠送。FRLG
第四世代
第四世代的孵化机制与绿宝石基本相同，增加了更多的幼年神奇宝贝，另外双亲只要有一方携带不变石就可以影响性格的遗传。与绿宝石相同，在发现蛋的瞬间，神奇宝贝的性别、性格和特性就确定了，而在取走蛋的瞬间，才会决定其个体值。另外从本世代起，孵化周期从256步减少为255步，刚孵出的神奇宝贝都是1级的。
训练家可以用神奇宝贝表检查自己寄存的神奇宝贝是否生出了蛋。
除了玩家自己的神奇宝贝生的蛋，游戏中可以获得以下神奇宝贝的蛋：
好运蛋：缘之市的登山客赠送。DP
利欧路：亚玄在钢铁岛赠送。DPPt
波克比：竹兰在百代市赠送。Pt
玛纳霏：从神奇宝贝保育家、巴特那吉、光的轨迹传送。DPPtHGSS
波克比：神奇宝贝爷爷赠送，起初是重要道具，之后在桔梗市重新获得。HGSS
咩利羊：输入正确密语后，阿创赠送。HGSS
乌波：输入正确密语后，阿创赠送。HGSS
熔岩虫：输入正确密语后，阿创赠送。HGSS
第五世代
在心魂的基础上，第五世代加入了母方拥有隐藏特性时遗传的可能，除非父方是百变怪。本世代和第三世代之前一样，在取走蛋的瞬间，其性别、特性、性格、个体值全部确定了。
获得蛋
除了玩家自己的神奇宝贝生的蛋，游戏中可以获得以下神奇宝贝的蛋：
燃烧虫：在18号道路上神奇宝贝保育家赠送。BW
好运蛋：在七宝市和3号道路之间的大门中神奇宝贝保育家赠送。B2W2
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