甘肃省商务厅设18个内设机构：
（一）办公室。
拟订厅机关工作规章制度；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全保密、新闻发布、政务公开、提案办理、对外宣传、信访等工作；联系厅驻外机构工作。
（二）人事处。
承担机关、直属单位的机构编制、人事管理、队伍建设和教育培训等工作；负责全省商务人员的行业培训和国际商务专业的职业资格审核备案工作。
（三）政策研究室。
研究我省扩大对外开放、流通体制改革、区域经济合作并就重大问题提出意见和建议；研究提出健全我省现代市场体系的综合政策建议；负责协调本厅重大课题调研工作；负责全省商务重点工作落实情况的督查工作；负责有关综合性文献的编纂工作；管理厅机关及直属单位内部刊物和公开发行刊物。
（四）综合处（省口岸管理办公室）。
拟订全省国内外贸易和国际经济合作、招商引资发展战略、规划；监测分析商务运行状况，研究商务运行和结构调整中的重大问题，提出相关政策建议，牵头落实综合性政策措施；指导内外贸易运行监测系统建设；负责国内外贸易、对外经济合作、招商引资等信息、数据的汇总、分析及处理、发布工作；组织起草有关重要综合性文件及材料；拟订全省口岸管理政策并组织实施；负责全省口岸开放规划和开放口岸审核申报工作；协调处理口岸工作中重大问题；承担全省口岸基础设施及信息化建设。
（五）法规及公平贸易处。
负责全省商务领域的法律、法规、条约的宣传，地方性法规草案的拟订及落实；提出商务立法计划并组织落实；负责对本部门拟订的规范性文件进行合法性审核，承办有关行政复议和行政诉讼等商务领域的法律事务；承担与世贸组织（WTO）相关工作；推进进出口贸易标准化工作；指导协调反倾销、反补贴和保障措施实施及进出口公平贸易相关工作和有关应诉事宜；组织全省产业损害调查，建立完善产业损害预警机制；依法对经营者集中行为进行反垄断调查，指导我省企业在国外的反垄断应诉工作。
（六）财务处。
研究提出与我省商务工作相关的财税、金融、价格等政策建议；承担本部门归口的各项业务资金、专项基金、援外经费等的具体使用和管理工作；负责厅机关的财务管理和财务预决算工作；承担本部门的资产管理、基本建设和内部审计工作；指导监督直属单位财务管理工作。
（七）省整顿和规范市场经济秩序办公室。
承担牵头协调整顿和规范市场经济秩序的相关工作；推动商务领域信用建设，指导商业信用销售，建立市场诚信公共服务平台；参与组织打击侵犯知识产权、商业欺诈等工作；指导全省商务领域综合行政执法工作。
（八）市场体系建设处。
组织拟订并实施健全规范全省市场体系的政策措施；推进流通标准化；牵头组织规范零售企业促销行为；指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划、商业体系建设；推进农村市场和农产品流通体系建设；按有关规定对拍卖、典当、租赁、直销、汽车流通和旧货流通行业等进行监督管理；负责再生资源回收管理工作，指导全省商贸流通行业协会、学会等社团组织工作。
（九）服务业管理处。
承担全省商贸服务业（含餐饮、住宿、洗浴、美容美发、洗染、人像摄影及家政服务等行业）的行业管理工作；组织拟订全省商务领域物流发展规划，推动流通体制改革和连锁经营、商业特许经营、物流配送等现代流通方式的发展；指导社区商业发展、流通领域节能降耗工作，提出促进我省商贸中小企业发展的政策建议；按照有关规定对成品油流通市场进行监督管理；指导全省散装水泥推广工作。
（十）市场运行调节处（省茧丝绸协调办公室）。
监测分析全省消费品市场运行、商品供求状况，进行预测预警；组织协调建立健全生活必需品市场供应应急机制的相关工作；负责重要消费品储备（肉类、食糖、边销茶等）的监管和市场调控的有关工作；负责酒类商品流通的行业指导；承担茧丝绸相关工作。
（十一）食品流通监管处。
执行落实有关食品放心工程、三绿工程等政策法规；拟订全省屠宰行业的发展规划并负责该行业升级改造项目的实施；负责全省家畜（禽）定点屠宰和肉类冷藏加工行业的监督管理；承担全省肉品质量可追溯体系建设的相关工作；负责全省肉类行业定点屠宰企业肉品品质检验人员的技术培训。
（十二）对外贸易处。
落实全省对外贸易发展规划，组织年度出口商品计划的实施；负责进出口商品许可证发放及各类配额、重要工业品、原材料、农产品的进出口管理工作；承办企业进出口商品经营范围的审核与发证；负责协调相关部门落实国家有关加工贸易政策及加工贸易的审批工作；指导进出口交易会、境外商品展会和洽谈会等贸易促进活动和外贸促进体系建设。
（十三）机电和科技产业处（省机电产品进出口办公室）。
拟订我省机电产品和高新技术产品进出口、成套设备出口和加工贸易管理政策和有关目录并组织实施；承担机电产品、高新技术产品贸易促进工作；拟订进口机电产品招标办法并组织实施；负责高新技术产品的出口管理、技术贸易及涉及到国家出口管制的敏感物项的管理；牵头拟订服务贸易发展规划；拟订技术贸易政策和促进服务出口规划、政策并组织实施；承担技术进出口管理、服务贸易促进和服务贸易统计工作；承担与中国机电进出口商会的联络工作。
（十四）外资处。
拟订全省招商引资政策和中长期发展规划；负责全省审批权限内外商投资企业合同、章程及有关重大事项变更的审批、备案、批准证书发放工作；牵头组织全省外商投资企业联合年检；指导投资促进及外商投资企业审批工作，规范对外招商引资活动；承担外商投资统计工作；负责全省外商投资企业的投诉工作；综合协调和指导国家级经济技术开发区的有关具体工作；会同有关部门拟订并组织实施促进服务外包发展的规划、政策，推动服务外包平台建设；指导全省外商投资企业协会工作。
（十五）外经处（省境外劳务管理办公室）。
执行对外经济技术合作政策；拟订我省对外经济技术和劳务合作业务的发展规划；依法监督管理我省对外投资、对外承包工程和设计咨询等对外经济合作业务；执行省内公民出境就业管理政策，承担外派劳务和境外就业人员的权益保护等工作；负责我省援外企业资格认定、援外项目申报并组织实施；依法核准境内企业对外投资开办企业（金融企业除外）、对外经济合作企业经营资格和境外劳务合作经营资格；承担对外直接投资、对外承包工程企业年检、统计和绩效评价工作；负责对我省外派劳务人员的培训与管理；承担对外直接投资、对外承包工程和劳务合作统计工作。
（十六）国际经贸关系处。
承担联合国等国际组织对我省经济技术合作的中方有关管理事务，管理多双边对我省的无偿援助和赠款；牵头组织我省经贸对外谈判；审查、申报、争取无偿援助和赠款项目，接待项目来访官员和专家；负责受援项目出国考察团组人员和发展合作奖学金候选人员的筛选、培训和派出以及聘请外国专家工作。
（十七）对外联络处（省商务厅港澳台经贸办公室）。
拟定厅外事工作制度，管理厅机关的外事礼宾和重大外事活动，指导全省商务系统外事礼宾工作；负责我省出国（境）业务团组从事经贸活动的业务审批及国（境）外经贸宾客的邀请；贯彻执行对港澳台地区的经贸政策、贸易中长期规划及管理规定；指导全省的经贸机构与港澳台地区有关经贸机构开展经贸合作；负责统战、对台和侨务工作。
（十八）离退休干部处。
负责机关离退休干部管理工作，指导直属单位的离退休干部管理工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
