广州市地方税务局成立于1999年2月8日，作为广东省地方税务局的副厅级分支机构，独立运营以来，机构设置遵循“登记、征管、稽查”三大核心功能。其组织架构包括1个登记分局、10个区地税局（其中广州开发区和萝岗区、南沙开发区和南沙区地税局为同一团队，双重管理），以及2个县级市地税局、6个稽查局和1个纳税人服务中心，总计20个基层单位。市局内部设有13个处室和2个事业编制中心。
目前，广州市地税系统共有4847名员工，其中在编干部3131人，编内合同工121人，编外合同工844人（包括577名前台协税员），还有728名离退休人员。在编干部中，男性占比51.7%，女性占比48.3%，平均年龄为38.89岁。高级教育背景的人才较为丰富，硕士以上学历的有300多人，本科及以上学历者超过2100人，分别占干部总数的9%和62%。其中，40%的处级干部拥有硕士研究生学历，45%的科级干部具备中级以上专业技术职称，具备律师、注册会计师或注册税务师资格的人员超过210人。
征税范围方面，广州市地方税务局负责12个税种的征收，如营业税、企业所得税、个人所得税等，以及8个费金，包括社会保险费（养老保险、医疗保险等）、教育费附加、文化事业建设费和水利建设基金等。截至2007年底，该局管理的纳税人（不包括临时登记户）达到48万户，其中包括25万户企业户和23万户个体工商户，主要分布在广州市的10个区、2个县级市和3个国家级开发区内。
广州市地方税务局管理地方税务系统的人事、劳动工资、机构编制和经费，考核任免和管理县级以上地方税务局的正副局长及相应级别的干部；负责地方税务队伍的思想政治工作、精神文明建设以及教育培训工作。