小麦RNA-seq利用hisat2构建index过程

Question

如题所述

Answer 1

根据崔女神文章 https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1
利用hisat2来构建小麦的转录组的索引文件，服务器内存64G，构建的命令如下：

构建过程中提示提示内存不足，但是可自动优化参数，构建时间全长大约为3个小时。

IWGSC.1.ht2l 16M
IWGSC.2.ht2l 4B（你没有看错，是4B）
IWGSC.3.ht2l 12M
IWGSC.4.ht2l 3.4G
IWGSC.7.ht2l 25M
IWGSC.8.ht2l 3.7M

但是rf文件还不确定有何用，经研究和设置的线程数有关，8个线程即生成8个rf文件，20个线程即生成20个rf文件。

至此，小麦RNA-seq索引文件构建完毕，本人连续3次构建了小麦的index文件，文件大小略有不同，下一步测试比对index是否可用，同时测试run out of memory是否对索引文件构建的成功与否有影响，感谢崔老师。