（一）增值税一般纳税人销售货物可以自行开具17%增值税专用发票，购进货物可以取得17%或3%增值税专用发票，在缴纳增值税时按照销项税额减进项税额的差额进行纳税，相对税负较低;
（二）而小规模纳税人在销售货物时只能够委托税务机关代开3%增值税专用发票，购进货物时取得的增值税专用发票是不可以抵扣的，在缴纳增值税时按照销售收入3%的简易税率计算纳税。
（三）增值税小规模纳税人同增值税一般纳税人相比，有以下两弱点：
1、缴纳增值税时，增值税小规模纳税人按照销售收入乘以3%的简易税率计算纳税，而增值税一般纳税人按照销项税额减进项税额的方法计算纳税后，应交增值税占销售收入的比例一般要低于3%，有很多企业远远低于3%;
2、增值税小规模纳税人在销售货物时只能委托税务机关代开3%增值税专用发票，这样一来很多增值税一般纳税人企业就不会选择从增值税小规模纳税人公司购货，因为增值税一般纳税人在购货时由于不能从增值税小规模纳税人那里取得17%的增值税专用发票用于抵扣销售税款，所以就会取消同增值税小规模纳税人业务往来，从而使得增值税小规模纳税人失去很多增值税一般纳税人客户;因此，从企业的长远发展来看，企业要想实现更大的发展，拓展更大的市场，就得成为增值税一般纳税人。
1、计税方法不同
一般纳税人原则上采用一般计税方法（提供公共交通运输服务等特定应税行为的一般纳税人也可选择简易计税方法）。小规模纳税人采用简易计税方法。
2、税率与征收率不同
一般纳税人适用增值税税率（简易计税的除外），目前增值税税率包括13%、9%、6%，0。（2019年4月1日施行）小规模纳税人适用增值税征收率，目前增值税征收率包括5%、3%。
3、增值税发票使用不同
一般纳税人可以开具和取得增值税专用发票。除部分国家税务总局规定的行业（如住宿、建筑等8个行业）小规模纳税人可以选择自行开具专用发票外，大部分小规模纳税人不能自开专用发票，如果需要开具专用发票可以到税务机关申请代开。
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