为按时、保质完成国土资源部下达的任务，加强部门协调，保证农用地分等工作顺利进行，成立了福建省农用地分等定级与估价工作领导小组，由福建省国土资源厅厅长为组长，分管副厅长为副组长，厅土地利用处、福建省国土资源勘测规划院等有关业务处（院）的负责人担任小组成员。领导小组下设办公室，由分管副厅长兼办公室主任，利用处处长担任办公室副主任。为确保农用地（耕地）分等工作技术指导到位，保证工作质量，还成立了由土地、农业、水利、气象等多学科专家组成的专家顾问组和技术指导组。
为明确农用地分等定级与估价工作任务，严格按照项目实施方案和国家《农用地分等定级规程》（国土资源大调查专用）认真组织实施，决定由福建省国土资源厅土地利用处负责组织、协调、管理、监督；福建省国土资源勘测规划院具体负责项目的实施、指导和检查，各县（市、区）国土资源局负责县级农用地（耕地）分等工作的具体实施。
按照福建省国土资源厅的部署，各设区市、各县（市、区）也相应成立了以政府分管领导或国土资源部门领导为组长的农用地（耕地）分等定级与估价工作领导小组，并聘请政府有关部门的专家成立技术小组。
农用地（耕地）分等工作技术性强、工作量大，要完成这项任务，必须要有一支技术力量强、素质高的队伍。而当前县级国土资源管理部门工作任务繁重，人员编制少，要按时、保质完成农用地（耕地）分等工作，具体组织形式是关键。为切实科学量化全省耕地的质量及其分布，摸清家底，各县（市、区）根据自身技术力量和经济条件的不同，采取了三种不同的组织形式开展农用地（耕地）分等工作：一是国土资源部门本单位本系统抽调人力组建队伍，通过技术培训来开展工作；二是把工作任务委托给大专院校或有关单位，国土资源部门进行组织协调和协助调查论证；三是借助社会技术力量配合国土资源部门，以协作形式共同组建队伍开展工作。由于采用了多种组织形式，较好地保证了全省农用地（耕地）分等工作按时、保质完成。