其实在历史上，沈万三与朱元璋并没有什么交集，也不存在着帮助朱元璋修筑南京城然后被流放云南的故事，这是清朝人在修明史的时候，故意抹黑明朝的开国君主的行为。不过沈万三所建立的沈家确实被朱元璋所灭。
沈万三本名沈富，字仲荣，因为个人能力突出，所以被世人尊称为沈万三，取得就是万户之中有三秀之意，在民间具有较大的影响力，而且通过后世的传说，逐渐将沈万三塑造成一个手眼通天的人物。
根据《吴江县志》记载，在张士诚占领吴会的时候，沈万三就已经去世，这与明史中的记载不符。根据沈万三之子沈荣的墓志铭来看，在明洪武九年之前，沈万三就已经不在人世，而明朝洪武十四年，朱元璋才刚刚平定云南，这个时候是无法把已经死去的沈万三流放的，所以据此考证，明史中的记载应该是有错误的，沈万三与朱元璋并无交集。
明朝洪武年中叶，朱元璋开始大肆屠杀功臣，所谓飞鸟尽，良弓藏，狡兔死，走狗烹历朝历代开国君主都难免会走上这样的道路，而且朱元璋所立的皇太孙朱允文性格柔弱，根本无法镇住这些骄兵悍将，所以为了帝位传承，必须要摸清道路上的阻碍，在这样的历史背景下，很多知名人物都落得凄惨下场，沈家作为当时的名门大族多次被牵连，最终闹得个家破人亡。
明洪武十二年，胡惟庸案爆发，沈万三的女婿陆仲被牵连其中，最后满门抄斩。明洪武二十六年，蓝玉案又牵连到沈家，最终整个家族在政权的打击之下灰飞烟灭。
朱元璋是平民皇帝，所以仇富心理非常强烈，南京城建立之后，就强行迁移江浙地区的富户来充实国都，间接霸占他们的田产资源，而且在朱元璋之后的执政过程中，对于这些富户的待遇也不是很好，掠夺民间财富已经成为他发泄个人情感的重要手段。
虽然朱元璋的做法有些过分，但其实沈家并不干净，虽然沈万三是依靠耕种起家，然后通过远洋贸易获取了大量财富，但是他本身也有极重的乡土情结，属于大地主阶级。
在元末明初的这一段历史时期内，中国的地主阶级疯狂的掠夺民间财富，遇到饥荒之年就囤积粮草，之后以极低的价格兼并土地，可以说国家民不聊生和他们也有极大的关系。
沈家在明朝建立之后，利用自己的资源和声望游走于权贵之间，并且利用权力赚取了更多的利润，但是与权力牵连太深就是获罪之由，最终也死在了权力政治斗争之中。
朱元璋是皇帝，沈万三是富可敌国的商人，但是在古代，商人虽说富可敌国，但是社会地位并不高，而普天之下，莫非王土，做为皇帝的朱元璋，就算是再穷，也是一国之主，而且还是开国的帝皇，要说沈万三能够威胁到朱元璋，那是说给谁听了都不可信。
但是据野史上说，沈万三曾经自愿捐钱和朱皇帝一起修南京的城墙，因为财大气粗，竟然比皇帝修的还要快，而且还要好，所以很驳了朱皇帝的面子。后来沈万三又尽然不怕死的提出了要犒赏三军的话，并且还说百万之军，可以每个军士一人给一两。
这让朱元璋心里非常的害怕，也让他起了杀心：如果一个人太过于富裕了，如果他愿意，说不定拿钱给人，让他为自己卖命，起来造反做皇帝也是有可能的。所以朱元璋后来越想越怕，最后就找个理由把沈万三流放了，并且一家都杀的光光。
但是据史学家记载：沈万三并不是明朝人，在朱元璋还没有得天下之前，就已经过世了。但是朱元璋有仇富的心理，几次下令让江南一带的富人搬迁到南京，然后再搬迁到云南等地，并且还多次杀害一些江南富商，将这些富商的财产充公为自己的私产，还是有史书记载的。
所以，就沈万三威胁到朱元璋的地位这一说是不存在的，而朱元璋最后杀害了沈万三也不存在，也许沈万三这人太有名了，那些历史中真实存在的许许多多的江南富商们，最后就都用沈万三这个名字的符号代替了，最后他们的下场就是野史中流传的那样悲惨。也是反映了那个时代富商的真实命运的写照吧。