朱元璋猜忌刘基，这是很正常的。没有哪个皇帝对自己手下能力强，有功劳的臣子不猜忌，况且还是朱元璋这种心眼像马蜂窝的主儿。
刘基是朱元璋打天下时期的重要功臣，但是要说他真正的作用，其实并没有李善长、胡惟庸、朱善等人的大。刘基能够在朱元璋手下受到重用，既是源于刘基自己有很强的能力，特别是在战略谋划上，又源于他是代表着浙江一带归降势力在朱元璋阵营中的地位。
每个开创之君都会面临下属派系林立，各占山头的局面，朱元璋时代也不例外。李善长、胡惟庸代表着朱元璋起家的淮西勋贵集团；杨宪、汪广洋代表着是长江以南江东势力；而刘基则是代表着原来张士诚所占浙江地区势力。
朱元璋对这些派系都很清楚，帝王不怕派系林立，就怕不平衡，让一家独大，威逼皇权，所以朱元璋在平衡这些派系过程中，手段简单粗暴，谁坐大，谁倒霉，谁倒霉，就杀谁。
前期的胡惟庸，杀了一批，后来的杨宪、汪广洋等丞相被杀，皆是如此，当然朱元璋也借这些政治案件，杀了很大一批无辜的官员和开国功臣，这都是为了确保皇权至上。
刘基作为浙党的代表，肯定是会受到朱元璋的猜忌的，但是刘基是个文人，书读得多，见识就多，知道历来帝王没有不猜忌的，没有不打压派系权力的，所以刘基做事做人都很低调，很少主动的参与到朝中的政治和权力斗争中去。
刘基不主动参与，并不代表朱元璋不主动怀疑，朱元璋对刘基的猜疑一直都存在，好在刘基不愧是刘伯温，足智多谋，这建国没多久，洪武三年，朱元璋大封功臣，刘基被封诚意伯，按照民间对刘伯温的传说来看，一个三等伯爵的确是配不上他的功劳的。
刘基没有任何的怨言，欣然接受，这种接受，既是因为他的确没有立下多少战功（明朝分封是靠军功），也是因为他已经想好全身而退了。
洪武四年，刘基以年事已高，请求归乡，朱元璋虽然舍不得，但是还是答应了他，并派人护送他回了浙江青田老家，安享晚年。
刘基后来还是回到了南京，这也是因为朱元璋猜忌他的结果，其实并不能怪朱元璋，主要是因为刘基回到家乡后，依然与朝中的部分文臣有书信的往来，这让朱元璋很恼怒，回去就回去了吧，怎么还与朝中权贵有来往，哪个帝王都会想到刘基别有用心。
刘基没有办法，只好又回到南京定居，在皇帝朱元璋的眼皮底下当个平民，大家都放心。洪武八年，刘基病重，祈求回青田，朱元璋再次派人送他回去，没多久，刘基就病故了。
刘基没有被朱元璋清算，主要有两个原因：一是他自己有自知之明，没有过多的权力欲望；二是因为他死得早。要是刘基活到洪武二十年以后，估计早被朱元璋给剁了，更别说猜忌了。