村委会是
村民自治组织，村经济合作社是
农村集体经济组织。说白一点，村委会与村集体经济合作社，就相当于行政机关与企业。
从理论上看，村委会和村集体经济组织虽然都以建制村为地域范围，以该地域范围内的农民为其成员，但是它们的性质不同，两者有着不同的组织目标、价值诉求和运作逻辑。村委会虽然在法律上定性为
群众自治组织，并不是政治组织，但是它与一般的自治组织有着很大的不同。首先，村委会的成立并不是基于自治组织全体成员的共同意志，而是按照法律规定必须设立的，村民也没有加入和退出的自由。《村委会组织法》第八条规定，“村民委员会根据村民居住状况、人口多少，按照便于群众自治的原则设立。村民委员会的设立、撤销、范围调整，由乡、民族乡、镇的人民政府提出，经村民会议讨论同意后，报县级人民政府批准。”根据此项规定，村委会设立的提出和批准都是由政府决定的，村民的共同意志并不起决定性作用。其次，村委会承担了很多
政府职能，如协助政府完成各项任务，提供社区
公共服务等。按照宪法和《村委会组织法》，村委会要办理本村的公共事务和公益事业，调解民间纠纷，协助维护社会治安。乡镇政府与村委会之间虽然不是领导与被领导的关系，但是村民委员会有义务协助乡镇政府开展工作。因此，在一定意义上，村委会是一个准政府性质的公共权力机构。许多外国学者也因此将村民自治理解为“地方自治”。
无论是从推进村民自治还是发展农村集体经济的角度看，村委会与村集体经济组织宜分不宜合，政治的归政治，经济的归经济。建议正在修订中的《村委会组织法》对两者的关系作出更为清晰的规定。突出村委会的社区公共服务功能，剥离其在农村集体资产经营管理方面的功能，使之成为单纯的村民自治组织，其所需经费由公共财政和集体经济收益支付。村集体资产经营管理职能则由村集体经济组织全权负责。当然，组织分离并不排除两者在人员构成上一定比例的重合。