1、作用不同
高等教育自学考试简称自学考试、自考，它有大自考(社会型考生)和小自考(应用型考生)两种类别。
函授是成人高等教育的一种学习形式，属于高等教育层次的一种学习层次，主要按各专业教学计划利用寒、暑假或国定假日派教师到各地函授站组织面授和考试。
2、特点不同
函授通过国家统一的成人高考被高校录取，发放录取通知书，属国民教育系列，国家承认学历，参加全国成人高考招生统一考试，各省、自治区统一组织录取。
高等教育自学考试是个人自学和国家考试相结合的高等教育形式，是我国社会主义高等教育体系的重要组成部分。是贯彻宪法鼓励自学成才的有关规定，造就和选拔德才兼备的专门人才，提高全民族的思想道德素质和科学文化素质，以适应社会主义现代化建设的需要。
3、目的不同
函授学历与脱产、业余学历一样，都属于成人高等教育学历，国家承认、电子注册、网络可查。
高等教育自学考试的任务，是通过国家考试促进广泛的个人自学，推进在职专业教育和出校门后继续教育，造就和选拔德才兼备的专门人才，提高全民族的思想道德、科学文化素质，适应社会主义现代化建设的需要。
参考资料来源：百度百科-自考
参考资料来源：百度百科-函授
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