手机短信可以作为证据。根据《民事诉讼法》第63条第5项的规定，数据电文属于证据的一种，手机短信属于数据电文的一种，因此，手机短信可以作为证据使用。但是，手机短信作为证据有其先天性不足，因为手机sim卡的登记人与实际使用人并不一定一致，而且短信内容可以编辑，所以手机短信作为证据时，必须经过当庭质证。为了确保手机短信作为证据的证明力，最好的办法是公证证据保全。要做手机短信的公证证据保全，应该从短信收、发开始进行。经过公证证据保全的手机短信，就有法定的证明力。
配偶从手机短信中发现枕边人有外遇，是可以以此提出离婚申请，不过要作为通奸证据，就比较困难。在法律上，所谓通奸是指一名已婚人士与非配偶有性行为，而单凭手机短信的内容，是很难证明这一点的。即使手机短信的内容是很直接的说：”昨晚我们上床了”，也不能证明发送和接收简讯的双方有过性行为，因为双方可以说这纯粹是在开玩笑，甚或手机遭人盗用，除非他们愿意承认，那又另当别论。虽然手机短信难以证明配偶有通奸行为，不过当事人却能以“配偶行为不合理”来作为离婚的理由。申请离婚的理由有很多，在一起离婚案中，又可分为“有争执性”和“无争执性”两种。她说：“如果当事人从配偶的手机短信中，怀疑配偶有外遇提出离婚，而配偶又肯承认的话，就表示双方对离婚的理由没有争议，那么手机短信的内容，就能在离婚申请中被接受。”由于新婚姻法中规定了无过错方可向过错方索赔，所以一旦婚外恋被法院认定，无过错方就可在财产分割上占得先机。但由于取证难，大多数婚外情离婚案能被认定的曲指可数。间接证据不认定有的原告在向法院起诉时，为主张对方存在婚外情，列举了大量的证人证言，但这些证据都属于间接证据，在没有直接证据支撑以及对方否认的情况下，都会被法庭否定。相关知识离婚案件中短信作为当事人证据的情况相当普遍。随着社会的发展、科技的进步，手机短信作为诉讼七大类型证据之外的新类型证据正逐渐被摆在法庭上接受法官及当事人的质询，手机短信的证据效力已引起人们的普遍关注，而手机短信能否作为证据使用，我国现行法律中并无明确的规定。对于短信的效力认定，法院目前还没有形成普遍的认识，一般内地法院很少就此作出代表性的判决。《人民法院报》曾于去年刊登过一个判例，认定短消息可以作为定案的证据之一。随着手机的普及，法院不得不研究短信作为证据效力的法律理论和实践问题。手机短信与电子邮件不同，手机短信具有真实性、客观性、不易修改性、闪存的封闭性特点，同时短信内容不容易被攻击。一般的手机功能是不能修改短信内容的。此外，手机短信具有关联性，表现在二个方面。其一，每个手机号码只能在一个收发，有发信人的手机号，有时间，有内容，有的还有姓名，通过短信内容查到手机号码，具有涉案关联性;其二，两个号码收发指定，具有对应性。从手机短信的合法性来看，要通过合法的入网手续或卡，办了手续后，合法使用，收到短信是合法的。