涂尔干著作涉猎广泛，其主要的思想集中于四部巨著：《社会分工论》（1893年）、《社会学方法的规则》（1895年）、《自杀论》（1897年）、《宗教生活的基本形式》（1912年），也是社会学研究的基础著作。作为现代社会学的开拓者，涂尔干一生出版了大量关于教育、宗教、自杀和犯罪的论文和专著，为社会学的规范化和科学化奠定了坚实基础，为社会学的独立学科地位的确立做出了巨大贡献。他确定了社会学的研究对象——社会事实：阐述了社会事实之间存在的结构、功能和因果的关系，制定了一系列社会学研究的实证规则，充实了此前空疏的社会学方法论，实现了孔德提出的建立实证主义社会学构想。他运用统计方法对自杀现象的研究，用人类学资料对澳大利亚土著居民的宗教研究，是社会学理论和经验研究相结合的范例，从而结束了西方社会学理论研究和经验研究长期脱节的状况。涂尔干的学术思想和研究方法，深刻影响了社会学的发展。
《社会分工论》
《社会分工论》是法国社会学家涂尔干1893年的博士论文，是其开山之作。一开始他就显示了他反对单一的功利主义思维的立场，他指出社会是多元的，是由种种矛盾的部分组成的，是要适应相互矛盾的种种需要的，必须有一种限定与平衡。他选取的题目是一个经济学的对象，但他却要从其中找出非经济的内核来。这本书的中心思想就是，劳动分工并不是纯粹经济现象。 书中主要阐述社会团结与社会整合为一种社会事实，该事实独立存在于个人之外，并具有独特特征，即称“集体意识”，而分工的真正功能是在两个人或者更多人之间创造出一种连带感，即集体意识（Collective Consciousness）。
在《社会分工论》里，涂尔干认为只有社会成员间存在一定的向心力，即“团结”，作为成员集合体的社会才能存在。他进一步将社会团结分成“机械”与“有机”二种。道德是集体意识的反映，而法律则是社会借由道德的实体化而维持团结的一种努力。通过对二者的分析，涂尔干认为机械社会之后，文明不断扩张，社会职能也日益扩大， 人口的增加导致物质（每平方公里人口）跟道德（社会交往频率）密度增加，产生竞争生存物资的状态，如果不用战争去解决竞争压力，只能透过社会分工维持社会稳定。日趋复杂精密的社会分工，将各集团的人们纳入其中。透过分工，不同集团的人亦逐渐相互依赖。而在由机械社会向有机社会的转型中，传统集体意识的淡化影响了部分社会成员的人生定位，导致社会“失范（Anomie）”。他认为，机械团结到有机团结是历史的必然趋势，而分工事实上增进了人的团结与幸福。涂尔干得这点理论深受其导师的影响，同时对将来的社会科学的研究的影响也极其深远。许多当代的人类学家理论都建立在这个理论之上，比如安东尼·纪登斯的“四个面向”理论。美国学者塔尔科特·帕森斯（Talcott Parsons）、阿尔弗雷德·拉德克利夫-布朗（Alfred Radcliffe-Brown）等人的结构功能论也撷取引用了他的一些观点，即认为社会学在研究社会结构时重点之一在考察不同结构的功能（Function）。
《社会学方法的规则》
《社会学方法的规则》（Les Règles de la méthode sociologique）被视为涂尔干的重要著作，其奠定了社会学研究的方法及对象。在书中，涂尔干提出一个重要概念：社会事实（或称社会现象）。通过其概念的阐述，涂尔干认为社会事实为社会学确立的有别于哲学、生理学和心理学的独立研究对象。具有仅仅为社会学所研究的特殊对象和相应的独特研究方法，是使社会学变成一门独立的科学所必须具备的一般条件。从传统哲学的领域中提取出独特的社会学方法论，是该书的主要立意。社会学应视社会为一个“事物”（Social Facts as a Thing），它独立存在于个体之外，并对个体产生影响。社会事实具有客观性、集体性、强制性三个特点，并由特征阐述出语言、宗教、道德、法律，乃至于流行风尚，都是社会事实，因而都属于社会学的研究范畴。就此基础上，涂尔干提出了观察社会事实的原则，即客观性原则与特殊性原则。并提供了以观察与解释为主的社会事实分类及研究对策。同时，由于主张社会事实的关联性，涂尔干认为社会事实的比较研究较分割的理论阐述更具意义，由此萌生了社会科学的比较学研究。
《自杀论》
《自杀论》（Le Suicide）是涂尔干的一部巨著。在书中，涂尔干着手进行研究自杀的人们的特质，发现一种社会炼带的关系。从事自杀的人，与社会的涉入较少，呈现松散的状态；相反的，在某些很少从事自杀的群体中（天主教团体、犹太教团体），归纳出他们共有的特性，也就是宗教涉入生活的程度非常高，而且社会联结十分紧密。而同样的，人类社会中也出现过集体自杀的例子，这同样也是社会联结十分紧密的人才会从事的行为。因此，他可以将自杀的人们分成三种类型：利己的自杀、利他的自杀和失范的自杀。失范的自杀是社会价值的突然失去，无所适从而产生的自杀。他认为自杀是一种社会因素导致的现象，并且反映社会的混乱状况。社会中经常出现的现象是正常的，偶然出现的是不正常的。社会现象的本质难以确定，只能从外部去观察。社会现象有一定的功能。它们产生的原因要从社会环境中寻找，而反对作心理学与生物学的解释。所以，涂尔干认为自杀是一种常态，他认为自杀不应以个人心理探讨，自杀是社会影响个人的，所以应该以社会学的角度将自杀化为一种客观的社会事实，调查自杀率的变化。
《宗教生活的基本形式》
《宗教生活的基本形式》（Les Formes élémentaires de la vie religieuse）为涂尔干晚年之作。他试从原始初民社会的基本互动方式，建构并认识社会构成的最基本元素。同时通过归结出一个社会构成的最基本要素有：神圣世俗之分，图腾崇拜，仪式，节日活动，氏族等要素，结合社会学的分析角度阐述这些元素的社会性，认定宗教也是一种社会事实。另外涂尔干还从上述延伸出崇拜团体（氏族）内依照神俗二分所建构出来的世界观与分类系统。按照神圣性，依次可以透过氏族的分类与诠释（包括对于善恶的观念），开展出对整个世界的观点与认知架构。这个想法，后来透过他侄子牟斯（Marcel Mauss）传给法国结构主义大师李维史陀（Levi-Strauss），为建构主义最原初的模型。 该书重点分析澳大利亚土著居民的原始宗教，即氏族图腾信仰（Totémisme）。其材料取自英国学者在澳大利亚的实地考察报告，还借助了美国学者对北美印第安人和爱斯基摩人的考察资料，为人类学的研究方法提供了实际操作指南。涂尔干虽然并未在该书完整陈述自己终身研究的奥义，而上述几个元素的归总，对后世社会科学影响甚巨。但该书中因为取材及论述的问题，也遭到一些学者的批评。
