早在七千多年前，长寿境内就有土著民族居住。至周代（公元前十一世纪），“巴人”在重庆全境、四川东部、贵州北部、湖北西部等地建立巴国，定都今重庆渝中。长寿时称巴国枳邑。
秦惠王更元九年（公元前316年）灭巴，建巴都郡（今重庆），在枳地（今涪陵城东枳里乡）置枳县，今长寿地属枳县。
蜀汉（公元220—263年）巴郡益州治江州县，先帝刘备在今长寿城附近设常安县（属枳县）。北周武民三年（561）废枳县，其地并巴县。
唐武德初年（614年），县西置温山县，隶属于南潾州。武德二年（615年），置乐温县，因其地常温，禾稼早熟，民乐之，故定名为乐温县，隶属于南潾州，又在县西南置永安县，隶属涪州。武德九年（622年），乐温县改属涪州。开元二十二年（734年），永安县被撤销，并入乐安县。
宋熙宁三年（1070年），温山县被撤销，改为温山镇，并入了乐温县。
元至元二十年（1283年），乐温县并入涪州。
元末明玉珍及其子明升踞蜀十年（公元1361-1371年），建立农民政权，国号夏，都重庆。明代洪武六年（1373年）九月，明玉珍以“县北有长寿山，居其下者，人多寿考”将乐温县改名长寿县。
明洪武六年（1373年），长寿县由涪州划属重庆府辖，治所未变。
清嘉庆年间，省下设道，长寿县属川东道。嘉庆七年（1802年），县署由河街迁至今城内新署街（今凤岭社区）。
民国三年（1914年），改川东道为东川道，长寿县属东川道。民国七年（1918年）后，全省军阀割据，长寿县先后划属刘湘、杨森防区。民国十七年（1928年）撤道，省辖县，知事公署名县政府。民国二十四年（1935年）川政统一，长寿县属四川省第十行政督察区，专员公署设大竹县城。
1949年12月2日，长寿县解放。12月18日长寿县人民政府成立。1950年1月23日，川东行政公署通令，长寿县由大竹专区划属涪陵专区。1952年11月3日，四川省人民政府通知，将长寿县划属重庆市辖。1953年1月1日，长寿县复划属涪陵专区。1959年4月17日，四川省人民委员会通知，将长寿县复划属重庆市辖。
2001年12月25日，经国务院批准撤县设区。 2002年4月9日，重庆市长寿区成立。
