降生缘起
敦珠仁波切之上一世为敦珠宁巴（即敦珠仁波切第一世），乃著名之岩取者。敦珠宁巴有一个特殊之心愿，希望赴西藏南面开发莲师之秘密圣境，可惜未能成行，乃授记下世之降生地为西藏南面，以圆满其开发此隐蔽圣谷之愿。当敦珠宁巴圆寂后，其大弟子纷纷前往西藏南面寻觅其转世。
认证经过
敦珠仁波切三岁的时候，遇见前来寻觅他的众多敦珠宁巴大弟子及其它大瑜伽者、学者等，敦珠仁波切均能一一辨认，并将各人之名字及性格逐一认出，因而被众人认定为敦珠宁巴之真实转世，毫无异议。其降生早于莲师八世纪入西藏时已有授记，述及其此世将降生为敦珠仁波切，内含日期、地点、及各详细征兆。
受法经过
敦珠仁波切被认证后，敦珠宁巴之传承弟子卓朱却美岩顿汪布与喇嘛塔登聪佐亲自前往「啤吗谷」为其主持升座大典。之后，敦珠仁波切开始学习书写及五明。学习之时，领悟力非常之高，举一而反三，学一遍已能全体领悟，聪颖过人，五岁时已开始取岩库，八岁跟随大师巴祖仁波切之大弟子邬金楚朱嘉错学习寂天菩萨之「入佛子行论」。继而广习其它经论，例如「中观」、「般若波罗密多」、「慈氏五论」、「三律仪」等注疏；而于另类学说诸如天文学、医学、历史等，并不偏废；对各种传统诸如制造食子、绘画坛城、跳神、梵呗及音乐等亦加以修习。敦珠仁波切于卓朱却美□顿汪布处从学达十六年，得「大圆满」。于宗萨蒋扬钦哲仁波切第二世处得学「生哇领体」（意为「秘密心髓」乃「大圆满」法），并学诸前敦珠所取之岩库；又从学当时最具功德之诸上师，例如利禾车之遮宗（敦珠南佳多杰）、托登听巴、却美菲的柯渣、敏宁多升南楚嘉错等。及后得闻斯历金刚龙布续(意为「智能金刚尖锐密续」)时，智能大开，一切金乘密法，即使浩如烟海，亦能自然吸收及显露。敦珠仁波切常自谦道：「此乃归功于斯历金刚龙布续之加持。」敦珠仁波切自少常有种种境界，并生起开取「宝库」之愿。于十三岁时，面见莲师双尊，从此得各超凡上师之岩库及智能空行母授以宝卷，敦珠仁波切将其一一书出。敦珠仁波切先后于诸大上师处接受甚多密法教授、灌顶、口耳传承、各续之口诀、密疏、戒律等。之后，敦珠仁波切周游各地之大学寺院如中藏之敏珠林、多杰札、塔吉丁宝岭；前藏之噶妥、佐青等，以学更多之传统、修法与佛法之哲理。又从大堪布罗苏之各大弟子，如戚操生纪多杰、雅江巴真、邬金宁清、噶妥泽渣转世、波龙生纪转世等处受法，与他们互为师徒。
虽然敦珠仁波切博学各门之密法与学问，却对宁玛巴（俗称红教）传统尤感兴趣，因其认为红教独有之「大圆满」－阿的瑜伽－能直指觉性；亦为九乘中至内及至高之乘，并认为「阿的瑜伽」包括了佛陀教授之每一面，能最准确和直接焦点于觉悟与智能。因此之故，重返以宁玛巴教法驰名于世之大学寺院敏珠林，继续研习及接受更多之有关教授。此亦为敦珠仁波切终生致力弘扬宁玛巴教法以暖由法身佛普贤王如来、莲师等传承之缘起，并成为红教之法王。
