这其实很正常，一个物种的灭绝不单单是因为天敌的问题，更和当时的气候变化、生物进化等各种自然因素有关。当然，和人类活动也有关系，但是巨齿鲨生活的年代还没有人类呢，所以这一点可以排除。巨齿鲨之所以会灭绝，还是和环境以及自身性格有着非常大的关系的。
一、自身问题
巨齿鲨体态巨大，据说一头成年的巨齿鲨，体长在16到20米之间，体重高达47吨，更可怕的是，如此笨重的身体并不会阻碍它们的行动。它们呈现梭形，游泳速度奇快。而且它的咬合力极大，据说最大可以达到二十八吨。如此凶残的一种动物，在当时可以说完全没有天敌。
和巨齿鲨同时期的还有恐龙，当时的地上霸主霸王龙，对于凶残的巨齿鲨也完全没有办法。于是，处于食物链最顶峰的巨齿鲨，也是有着鲨鱼家族的凶残、嗜杀等性质。它撕咬一切它所看得见的生物，是“终极掠食者”。这种掠食，使得生物链被破坏，所以最终巨齿鲨与它们是“同归于尽”了的。
二、空气含氧量问题
在巨齿鲨和恐龙生活的年代，是一个氧气极为充沛的时期。据说那个时候，空气中氧气含量占据总空气的三分之一。根据现在医学家的研究报告来看，这些体型巨大的动物，只有在如此充沛氧气含量的情况下，才能自由自在的生存，一旦空气中氧气含量降低，这些动物所要遭受的威胁将是巨大的。
因此，地球后期发生巨变，地球空气中的含氧量骤降，所以像是巨齿鲨这种体型巨大的动物，其含氧环境就不足以支持他们继续活下去了，因此它们也会因为这个原因，渐渐灭绝。
三、小冰河期问题
因为科学家是在亚热带地区，发现过巨齿鲨的骨骼化石。因此我们可以推断，巨齿鲨这种生物，更加喜好温热的生活环境。所以，因为地球在巨齿鲨生活的年代，曾经爆发过小冰河期，在之后的日子里，地球温度渐渐降低，这种喜好温热生活环境的生物无法适应这种环境，渐渐灭绝也不是不可能的事情。
巨齿鲨虽然强悍，虽然没有天敌，它们性格凶残、被称为最终掠食者，似乎很厉害的样子，就像是我们现在的北极熊那样。但是即使是厉害成这样，也是会灭绝的。不是因为别的，就是因为它们无节制的掠食、以及大自然的淘汰机制导致的。所以，这就给予了我们很多警示。
人类科技发展到现在，感觉好像以及可以打遍自然无敌手了，可以忽视自然，干人类想干的事情了。但是其实并不是这样，大自然有着自己的淘汰机制，它会自我修复，它没有情感，不会顾及人类和任何生物。当大自然开始进行自我调节，必定会淘汰一批不适合的动植物出局。假使我们不好好爱护自然，谁知道下一个被三振出局的是不是人类呢。
关于巨齿鲨为何会灭绝这个问题至今还没有明确定论，但是根据专家们给出了三种可能性最高的猜测，第一、巨齿鲨是被饿死的；第二、巨齿鲨是被缺氧而死；第三、巨齿鲨是被冻死的。
我们都知道生物链是讲究平衡的，所以很多人都以为处于食物链最顶端的那些生物是不会灭绝的，但是事实并非如此。巨齿鲨虽然是处于海洋生物链的顶端，但是巨齿鲨却不懂得维护生物链的平衡，巨齿鲨能够捕食所有的海洋生物，这让巨齿鲨看起来似乎是不会饿着的，但是由于巨齿鲨的食量巨大，而且捕食能力太过于强大，很容易导致自己的食物出现长期“短缺”，所以巨齿鲨很有可能是被饿死的。
另外，很多人还以为没有天敌的生物就不会灭绝，这样的想法也是错误的，因为大自然有太多危险的、不确定的因素了，例如氧气，大自然中的氧气含量变得越来越低的话，哪怕是巨齿鲨这样处于生物链顶端的动物也是有可能灭绝的，而我们生活的地球其实是经历了多次转变的，所以专家们才会猜测巨齿鲨是因为地球在转变过程中流逝了氧气，而巨齿鲨作为一种巨型动物，对氧气的需求是很大的，所以巨齿鲨很有可能窒息而亡。
最后，巨齿鲨还有可能是在严寒的环境中被冻死的，因为有专家曾经在一些热带地区发现过巨齿鲨的骨头，这就说明了巨齿鲨的生活环境很有可能就是热带或者亚热带，而地球曾经多次处于“冰河时期”，在那几个阶段的地球温度是非常低的，巨齿鲨很有可能就是那时候因为气候严寒而灭绝的。
本回答被网友采纳一些科学家认为是因为巨齿鲨灭绝的主要原因是在160万年以前，地球的水循环出现了问题，很多大型鲸鱼因为不适应环境而走向了灭绝，而巨齿鲨由于没有充足的食物来源最终也走向了灭绝。
不过也有一些科学家认为巨齿鲨走向灭绝的主要原因是因为它没有竞争过体型更小的掠食者，比如虎鲸的祖先，巨齿鲨虽然拥有庞大的身躯，但是它需要耗费巨大的能量，在虎鲸没有出现以前，它可以轻松的捕食，可是虎鲸这种集群性的食肉动物出现后，巨齿鲨可捕食的食物越来越少，这就造成了巨齿鲨捕食更加的困难，再加上许多种大型鲸鱼的灭绝，这对巨齿鲨来说更是雪上加霜，久而久之，巨齿鲨最终走向了灭绝。
巨齿鲨在它的时代几乎是无敌的存在，只要是它愿意，它可以解决任何一种海洋生物，当然也有那么一两种的生物可以与它一较高低，比如说梅尔维尔鲸。梅尔维尔鲸和巨齿鲨同为那个时代的顶级食肉动物，梅尔维尔鲸的体长在17米左右，体重在65吨，和巨齿鲨不相上下，虽然巨齿鲨拥有超高的咬合力，但是梅尔维尔鲸拥有更高的智商，两者狭路相逢，胜负真的是无法预料。
巨齿鲨在160万年前就灭绝了（也有些科学家认为巨齿鲨还有些残余存在着，电影《巨齿鲨》即参考了这种说法），其宿敌梅尔维尔鲸与它几乎是同时灭绝的，那么如此凶猛残暴且近乎无敌的海洋食肉动物。
巨齿鲨在史前确实是没有天敌的，当时和恐龙一样，都是这个地球上面的霸主。当时的巨齿鲨看到任何的生物都会用自己的牙齿把它们撕咬成碎片，也正是因为这个原因，所以到了最后锯齿鲨就和这些生物一起灭绝了，原因就是他们破坏了整个生态的生物链。
还有一个原因就是在史前空气当中的氧气含量是比较高的，但是后来空气当中的氧气含量就越来越稀，所以锯齿鲨不适应这个环境自然也就灭绝了。
而巨齿鲨虽然个子很大，没有任何动物可以威胁到它，但是巨齿鲨的食量同样也是很大的，如果吃不饱的话就活不下去，这一方面适应能力远远就不如小鱼强了，所以到了后来，这一种动物就慢慢被淘汰出了地球，现在的鲨鱼也不会长得这么庞大了。