二者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、合肥工业大学
学校创建于1945年，几易校名，1958年正式定名为合肥工业大学，1960年中共中央批准为全国重点大学，历经与安徽工学院、安徽水利电力学院合并重组，先后隶属高教部、机械工业部、机械电子工业部、教育部管辖。
2、河海大学
河海大学的前身可以追溯到1915年创建于南京的“河海工程专门学校”，是中国第一所培养水利人才的高等学府。1924年与国立东南大学工科合并成立河海工科大学，1927年并入国立第四中山大学，后更名为国立中央大学、南京大学。1952年南京大学水利系、交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组以及华东水利专科学校合并成立“华东水利学院”。1960年被中共中央认定为全国重点大学。1985年恢复传统校名“河海大学”。
二、学校规模不同
1、合肥工业大学
截至2020年，学校占地总面积5千余亩，在合肥市设有屯溪路校区、翡翠湖校区、六安路校区和合肥工业大学智能制造技术研究院，在宣城市设有合肥工业大学宣城校区，下设23个学院（部），94个本科专业，专任教师2100余人，在校全日制本科生3.26万余人、硕士和博士研究生1.3万余人。
2、河海大学
截至2020年，学校在南京市、常州市设有西康路校区、江宁校区和常州校区，占地面积近2580亩，开设56个本科专业，有教职工3433名，各类学历教育在校学生51499名。
三、院系设置不同
1、合肥工业大学
设有机械工程学院、材料科学与工程学院、电气与自动化工程学院、计算机与信息学院、土木与水利工程学院等23院部。
2、河海大学
设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、计算机与信息学院、机电工程学院、物联网工程学院、力学与材料学院等21个专业院系、3个直属学院。
四、学校特色不同
1、合肥工业大学
世界一流学科建设高校（2017年9月入选）、省部共建高校、全国重点大学（1960年10月入选）
、211工程（2005年6月入选）、高等学校学科创新引智计划（2006年入选）、卓越工程师教育培养计划（2010年6月入选）。
2、河海大学
全国重点大学（1960年入选）、教育部直属高校、省部共建高校、世界一流学科建设高校（2017年入选）、211工程（1997年入选）、985工程优势学科创新平台（2008年入选）、卓越工程师教育培养计划（2010年入选）。
五、主要奖项不同
1、合肥工业大学
全国深化创新创业教育改革示范高校（2017年2月）、全国创新创业典型经验高校（2018年）
、全国高校文明校园（2017年）、全国毕业生就业典型经验高校（2012年）。
2、河海大学
全国文明校园（2018年）、中央综治委平安校园建设优秀成果奖、全国文明单位（2015年）。
参考资料来源：百度百科-合肥工业大学
参考资料来源：百度百科-河海大学
河海大学更好。
1、建校历史
河海大学简称“河海”，是所非常低调而实力强大的工科211高校，前身是1915年南京的“河海工程专门学校”，是中国第一所培养水利人才的高等学府，后来经过合并发展。
在1985年更名河海大学，有教育部直属，并且是教育部、水利部、国家海洋局与江苏省政府共建高校，是国家首批具有博士、硕士、学士三级学位授权的单位，其水利工程、土木工程专业非常受理科生的喜欢！
合肥工业大学简称“合工大”，也是以工科为主的211高校，前身是1945年的安徽省立蚌埠工业职业学校，经过多次改名与迁移，1958年定合肥，改名合肥工业大学，大家都说它的汽车相关专业比较出色，很多学子慕名而来！
2、排名对比
不同版本评价指标不同，院校排名也是不一致的，但院校排名从某一方面说也代表着一所院校的综合实力！
2019年软科中国最好大学排名（不含医科类大学）：河海大学第79名，合肥工业大学第82名，都居全国高校前百强！
3、学科评估对比
根据教育部第四轮学科评估结果来进行对比。
河海大学的水利工程是A+学科，在国内实力与清华大学排名第一，处于领先地位，土木工程、环境科学与工程是A－学科，在国内实力也是名列前茅，另外工商管理、管理科学与工程、马克思主义理论、社会学、力学、计算机科学与技术、农业工程、软件工程8个学科都是B或B+学科，实力也是不错不错的！
合肥工业大学只有管理科学与工程是A学科，软件工程、工商管理、食品科学与工程、化学工程与技术、土木工程、计算机科学与技术、电气工程、材料科学与工程、仪器科学与技术、机械工程、马克思主义理论11个学科是B或B+学科，工科实力也不弱，不过就是A档学科较少！
参考资料来源：
本回答被网友采纳工大 车辆、土木、电气、机械强 ，工大也不错，我以前在工大住过几个月，，~在山东的话，过了一本线稳上，，不知道在别的省怎么样。