幕间曲过后，舞台上出现的是戴着面具的费尔明和安德烈，时间已经是继吊灯坠下后大概6个月了。已经是新的一年。期间，魅影没有再来打扰任何人，新的吊灯也安装好了，于是人们在剧院里举办了一次化妆舞会（Masquerade）来庆祝这新的生活。已经秘密订婚的克里斯
提娜和拉乌尔也在人群中携手共舞。虽然拉乌尔很希望公开这个秘密，但是克里斯提娜依然害怕魅影会知道后威胁他们的生活，要求拉乌尔继续保密，并把拉乌尔给的
订婚戒指串在项链上，而不是戴在手上。拉乌尔虽然不是心甘情愿，但也无可奈何。
正在欢乐进行到高潮的时候，突然出现一个戴着
红色死神面具的客人，大家都被这奇异吓人的装束震住了。来者正是销声匿迹许久的魅影。他带来了刚刚写就的一出歌剧《
唐璜的胜利》（
Don Juan Triumphant）要求剧院上演。并且，在再度消失前，他从克里斯提娜脖子上夺走那枚戒指，告诉她他还没有放弃她。
舞会不欢而散，拉乌尔见
吉莉夫人心事重重，就上前询问她是否知道魅影的底细。吉莉夫人在拉乌尔的苦苦劝说下，这才道出魅影的来历。原来几十年前，巴黎来过一个江湖
马戏团，除了表演杂耍，他们还展出一些畸形人供大家娱乐，其中有一个被关在笼子里的怪脸人，却是一个知识渊博的建筑师，音乐家。后来，这个怪脸人逃出了笼子带着吉莉夫人逃走了，大家遍寻不着，都以为他已经死在某个角落。而吉莉夫人则清楚意识到，真正魅影是谁。拉乌尔听到这一切，心中飘过一丝寒意。
两位经理对着新的总谱一筹莫展，说实话，他们不想听从魅影的命令，但是实在害怕再来一次意外。这时，他们又收到了魅影发来的字条，上面对歌剧院的人事安排等做出了一系列的指示。接着，卡尔洛塔和皮尔吉又闯了进来，大呼小叫，原来魅影给卡尔洛塔在戏中安排的是一个只有合唱的小配角角色。卡尔洛塔无法接受，说这是对她的侮辱。拉乌尔带着前来询问 两位经理到底有无决断，是否让克里斯提娜出演主角。而吉莉夫人又带着另一张字条匆匆赶来。魅影在这张最后指示中声明他的要求必须都得到满足，否则，更大的灾难将会等着他们。大家一时没了主意
拉乌尔突然觉得这是一个很好的机会，便跟两位经理商议一切按照魅影的意思办，但是另外他们将布置岗哨，诱捕魅影。吉莉夫人听了十分惊慌，极力劝说他们，但是三人不听，克里斯提娜虽然百般恳求他们不要让她陷于其中，但是经不起拉乌尔的规劝，遂答应了他。当然，魅影也在暗中听到了这些谈话。
于是乎，一切都开始行动，雷耶尔先生开始给大家排练新的歌剧，在嘈杂的排练房里，正当人们忙碌而且紧张到了极点的时候，突然放置一旁的钢琴在没有人弹奏得情况下自己弹出了排练曲目。惊惶失措的克里斯提娜夺路逃出，来到了父亲的墓地前，向墓碑上的父亲塑像诉说着自己的忧虑和恐慌，唱着Wish You Were Somehow Here Again，希望能得到他的帮助。突然，魅影又出现在了她面前。魅影告诉她自己就是他父亲说的Angel of Music，就是来引导和保护她的。被过度惊吓的克里斯提娜再次被魅影迷惑住。这时拉乌尔也闻讯赶到了墓地，并力劝克里斯提娜不要相信魅影的话。魅影企图挑逗拉乌尔上前跟他决斗，但是拉乌尔被克里斯提娜制止并一起逃离了墓地。魅影愤怒之余，发誓要报复他们两个人。
地点回到剧院，Raoul和两位经理正在紧急安排警察布哨布岗，准备在《唐璜的胜利》的首演式上，在5号包厢抓住魅影。不过这一切都没有逃过魅影的耳目，魅影的声音在剧院各个角落响起，嘲笑他们的狂妄，并且挑战他们说如果真想抓他，就尽快开演《唐璜的胜利》。拉乌尔也决定破釜沉舟，和魅影做最后一次较量。
演出在合唱中开始了，按照剧情。皮尔吉扮演的唐璜和其仆从为了设计引诱由克里斯提娜扮演的女主人公，进入舞台上的隔间换上仆从的服装。但是魅影早已设计好了在隔间内用
旁遮普套索吊死了皮尔吉，然后换上了剧情中的斗篷，遮住自己的脸，出来和克里斯提娜一起演唱了剧中一段优美的咏叹调The Point of No Return。演出中，克里斯提娜偶然触碰到了魅影的面部，发现对方并不是皮尔吉，就掀开了斗篷，一时间大家被舞台上的突变吓住，而拉乌尔为了不伤害克里斯提娜，也阻止了士兵开枪。魅影按捺不住内心的渴望，用柔和的嗓音，向克里斯提娜表明爱意，而克里斯提娜也勇敢地揭下了魅影的面具，让观众们都看到了魅影的扭曲的相貌。在一片惊呼声中，魅影带上克里斯提娜，再次消失在众目睽睽之前，让拉乌尔精心布置的陷阱落了空。同时，舞台上的人们也发现了早已死在布景后面的皮尔吉。
拉乌尔一时没了主意，但是吉莉夫人提醒他赶快跟着她去地下室，并嘱咐他一定要记住将胳臂举过头顶，以防魅影再次使用旁遮普套索袭击他们。同时，几乎所有的人都出动，一边高喊抓住凶手，一边到处查找魅影的踪影。
魅影果然又带着克里斯提娜来到地下室，他正沉浸在小小获胜的喜悦中，突然又被远远传来的人们的叫喊声搅乱心情。他质问克里斯提娜，为什么这个世界会对他这么不公平，仅仅因为他长了一副令人可怕，连他的母亲都不忍正眼以对的面容。克里斯提娜告诉他，之所以觉得世界对他不公，不是世人的错误，而是因为他自己囚禁了自己的灵魂，并且与世人为敌，为了达到目的而不惜杀人或者夺取他人所爱。所以，她对他的感情，已经从同情转为憎恨，而没有丝毫的爱。
正在这时，拉乌尔已经赶到地下室，但是被阻隔在铁栏之外。他哀求魅影可以对他做任何事，但是一定放过克里斯提娜。魅影被他的打搅激怒，趁他不防，用旁遮普套索套住了拉乌尔，并且逼迫克里斯提娜做出选择：
1）要么用拉乌尔的生命换取她的自由；
2）或者披上魅影准备的婚纱，换取拉乌尔的生命。
尽管拉乌尔表示自己可以为爱牺牲生命而在所不惜，但是克里斯提娜不忍爱人的牺牲。她最终鼓起勇气，告诉魅影，她将告诉他，爱的力量，会有多么强大，上帝终究会拯救魅影的灵魂。然后，给了魅影一个长吻……
尾声
一个意味深长的吻，如同天上的造物主的光辉，照亮了魅影的封闭的心灵。魅影被克里斯提娜的坚定的爱的力量彻底折服。他松开了拉乌尔脖子上的旁遮普吊索，对克里斯提娜和拉乌尔挥了挥手，让他们赶快离开，并且不要再回来也不要跟旁人提起这里的一切。
克里斯提娜和拉乌尔相依走到门口，突然克里斯提娜回头跑到魅影身边，将魅影之前给她戴上的戒指摘下，还给魅影。魅影强捺悲哀，目送克里斯提娜离去。然后悲哀地唱出“It's over now, the music of the night...”，然后慢慢地走向舞台一角的王座。
正在此时，梅格带着警官们也找到了地下室这里，在她们进到地下室之前，魅影钻入绸布内，他的宝座上，只留下魅影的一只面具。
时间又回到了1919年，那时克莉斯提娜（1854-1917）已经去世了，在拉乌尔去墓地祭拜她的时候，发现墓上有一支绑有黑丝带的玫瑰花。