在药用植物的生长过程中，对士壤进行耕耘，使土壤疏松的作业方式称为中耕。中耕能疏松土壤，流通空气，加强保墒，早春还可提高地温；在中耕时还可结合除蘖或切断一些浅根来控制植物生长。除草是为了消灭杂草，减少水肥消耗，保持田间清洁，防止病虫的滋生和蔓延。除草一般与中耕、间苗、培土等结合进行，以节省劳力。中耕、除草一般在封行前，选晴天或阴天土壤湿度不大时进行。中耕深度视植株的大小、高矮、根群分布的深浅及地下部分生长情况而定。根群分布在土壤表层的，中耕宜浅；深根植物中耕可深些。如天冬、薄荷、玉竹、延胡索等浅根系植物宜浅耕；而桔梗、牛膝、白芷、芍药等主根长，入土深，中耕可适当深些。中耕的次数应根据当地气候、土壤和植物生长情况而定。苗期植株幼小，杂草容易滋生，土壤也易板结，中耕除草宜勤；成株期，枝叶生长茂盛，中耕除草次数宜少，以免损伤植株，天气干旱，土壤黏重，应多中耕：雨后或灌水后应及时中耕，避免土壤板结。
许多根茎类或多年生的药用植物，其地表层因受雨水冲刷，使根部暴露在地表外，很易受旱，影响根系及地上部分的生长发育。故在给药用植物中耕除草时要结合进行培土，以保护植物越冬过夏，避免根部外露，防旱，增强支持能力，防止倒伏，保护芽头（如玄参），促进生根（如半夏）。地下部分有向上生长习性的药用植物如玉竹、黄连、大黄等，若不适当培土将影响药材的品质和产量。培土的时间视不同植物而异，一二年生药用植物在生长中后期进行；多年生草本和木本植物，一般于入冬前结合防冻进行。