为规范社会保险经办机构的会计核算行为，财政部于1999年制定了《社会保险基金会计制度》，其中对基本医疗保险基金的会计核算基础、会计科目核算内容、会计报表的填制等进行了明确。2003年，根据社会保险事业发展的需要，财政部又制定了《社会保险基金会计核算若干问题补充规定》，其中对医疗保险基金会计制度进行了补充和完善。这两项会计制度的先后实施对加强基本医疗保险基金管理、规范会计核算、确保基金的安全和完整发挥了重要的作用。但随着改革的不断深入，现行基本医疗保险基金会计制度的一些不足日益显现。
(一)以收付实现制为基础的会计核算存在制度性缺陷，不能反映基本医疗保险基金活动的真实结果 《社会保险基金的会计核算制度》第四条规定，社会保险基金的会计核算采用收付实现制，会计记账采用借贷记账法。基本医疗保险基金是社会保险基金的一个重要组成部分，也就意味着基本医疗保险基金的会计核算只能采用收付实现制。这主要是考虑到将医疗保险基金纳入国家社会保障预算，以实际收到或支出的款项为确认标准，能如实反映国家社会保障预算的收入、支出和结存情况，防止社会保障预算虚收、虚支现象的发生。在我国医疗保险基金会计核算的初期.其会计核算主要是记录基金的收入、支出和结余情况，用收付实现制可以比较真实地反映医疗保险基金的实际收支情况，在当时也是适用的。但随着我国医疗保险制度的不断完善，医疗保险基金的会计核算已不单纯是基金的收入、支出和结余，还包括基金的监督和管理、保值和增值等情况，参保人、监督机构、管理机构也都希望获得更全面、真实的财务信息，如基金的筹集是否及时和足额，是否合理运用等。而以收付实现制为基础的会计核算，只能反映医疗保险基金中以现金实际收支的部分，并不能反映那些应收未收的保费、应付未付的债务(借入款项的利息、个人账户的应计利息)等。这些“隐性债权”和“隐性债务”在医疗保险基金的会计账务和报表中得不到反映，造成医疗保险基金的会计账务和报表不能准确记录、反映基金的资产、负债和运行情况，不利于防范基金支付风险。
(二)会计科目的设置与会计报表的填制要求不符
社会保险基金会计制度在《资产负债表》和《基本医疗保险基金收支表》中均设置了“待转基金”项目，用以反映尚未确定归属的基本医疗保险费收入和利息收入，与“基本医疗保险统筹基金”和“医疗保险个人户基金”科目处于同一核算序列，与“待转保险费收入”和“待转利息收入”科目呈对应关系，却未在会计科目表中设置“待转基金”科目，使医疗保险基金会计科目的设置与会计报表的填制脱节，导致医疗保险基金会计报表的表内、表间相关数据勾稽关系不明确，不方便使用者正确理解会计报表。
(三)对年末未确定归属的基本医疗保险费收入和利息收入的账务处理方法有待改进
社会保险基金会计制度在第四章第二条对年末仍未确定归属的医疗保险费收入和利息收入的账务处理方法如下：对年末仍未确定归属的医疗保险费，根据经验比例划分基本医疗保险统筹基金和医疗保险个人户基金，借记“待转保险费收入”/“待转利息收入”，贷记基本医疗保险统筹基金收入”和“医疗保险个人户基金收入”，下年初再傲相反分录予以转回。“待转保险费收入”、“待转利息收入”月末余额反映尚未确定归属的医疗保险费和利息收入，年度终了应无余额。笔者认为，将年末未确定归属的医疗保险费收入和利息收入按经验比例划入基本医疗保险统筹基金和医疗保险个人户基金，会使“基本医疗保险统筹基金”和“医疗保险个人户基金”科目年末数虚增，违背了财务数据真实性原则的要求；另一方面，“待转保险费收入”、“待转利息收入”作为收入类科目，其余额应转入基金类科目集中反映，月末和年末应均无余额。
(四)对基本医疗保险个人户基金实际余额与账面余额之间的差异未提出账务调整方法
实际工作中，按期初比例划分的基本医疗保险个人账户基金的账面余额不可能非常准确，因为中途可能有职工因死亡等原因退保，退保次月起职工就不再缴纳医疗保险费，经办机构必须相应对退保职工个人账户余额进行调整，这必然导致基本医疗保险个人账户基金实际余额与账面余额存在差异，有的统筹地区这种年度差异额可能很大。而现行社会保险基金会计制度未对这种财务现象提出相应的会计处理办法，存在制度盲点，使经办机构在年度结转时只能根据经验和需要进行账务调整，导致各经办机构账务处理方法不统一，不便于审查和考核。
(五)会计报表中“待转基金”项目的填制方法有待完善
在对《基本医疗保险基金收支表》的编制说明中，社会保险基金会计制度对“待转基金”项目的说明如下：“待转基金”项目反映尚未确定归属的基本医疗保险费收入和利息收入，本科目根据“待转保险费收入”、“待转利息收入”科目期末的贷方发生额“指1到11月份”合计填列。事实上，“待转保险费收入”和“待转利息收入”科目的贷方发生额包括了能确定归属的和未确定归属的医疗保险费收入和利息收入，这使“待转基金”项目的核算内容和填制要求自相矛盾。另外，在《资产负债表》中，社会保险基金会计制度也设置了”待转基金”项目用以反映尚未确定归属的基本医疗保险费收入和利息收入，并提出该项目根据“待转保险费收入”、“待转利息收入”科目的期末余额“指1到1 1月份”填列。从两个报表中“待转基金”反映的核算内容理懈，其填制金额应是一致的，但其填制方法的不一样又必然导致两个报表中“待转基金”的填制金额不一致。使《基本医疗保险基金收支表》和《资产负债表》的表间勾稽关系互相矛盾。
