1.级别不同。主任医师是当前医生职称中的最高级别，属于正高级别，是正教授级;副主任医师居属于副高级别，是副教授级；
2.晋升条件不同。晋升副主任医师需要获得主治医师职称满五年，还要评论文、课题等。晋升主任医师要任职副主任医师满五年，且精通本专业理论，掌握国内外本专业技术发展情况。有丰富的临床或技术工作经验，熟练掌握本专业技术操作，解决本专业复杂疑难问题。善于指导本科全面业务，能为医疗、教学和科研培养出高级人才。
3.工作重点不同。住院部的住院医生和主治医生要具体负责病房和患者, 主任医师不负责具体病人,定期进行大查房。
4.责任不同。下级医师有疑问,可请示上级医师.重大手术多由职称高的主刀。
5.如果在门诊，一般只有高级职称可以称是专家门诊，有主治医生的技术专业可以是专科门诊，初级职称只能是门诊服务。
首先，对于医生来说，一般分为住院医师、主治医师、副主任医师、主任医师，其职称主要是按照工作能力来评定的，对于一名医学院的毕业生，在毕业之后先要经过一年的实习，才会有机会走上职业晋级之路。
一般来说，在实习一年之后，实习医生就有了申报执业医师的资格，如果实力够强，在通过考试之后第二年会获得执业医师证书，获得执业医师证书五年后，有资格申报医师资格，也就是中级职称。基本上医生的职称晋级都是时间与经验的积累，而要想在医院有个职务，一般都得主任医师、副主任医师才可以，但是并不是所有的主任医师、副主任医师都是有职务的。
在一般老百姓的眼里，肯定是职称越高，医术越好。这个问题需要辩证的来看，如果是在同一个医院，可能主任医师的水平高于副主任医师。但如果是不同的医院，这样比较就不太合理了，一般来说大医院的医生水平，肯定是高于小医院的，所以协和医院的一个副主任医师，可能比普通医院的主任医师水平还要强。不同医院之间，医生的水平可能存在比较大的差异。
主任医师是正高级别。医院中，需与科主任相区分。科主任，是指医院某科室的行政主任，并非指职称;而主任医师是职称名，其级别相当于医学院校的教授。部分主任医师，同时也被评为教授职称，承担一定的科研与教学任务。
副主任医师，医生职称的一种，居主任医师之下，主治医师之上，为副高级职称。其级别相当于医学院校的副教授。部分副主任医师，同时也被评为“副教授”或“教授”职称，承担一定的科研与教学任务。一般，也简称为“主任”，患者均以此为尊称。一般冠以姓氏，例如：李主任。
一、医师职称总述
1、医疗技术专业职称有医师、药师、技师、护师系列。
2、医师职称包括初级职称(医士、医师/住院医师)、中级职称(主治医师)、副高级职称(副主任医师)、正高级职称(主任医师)。
3、在医院中主任医师，主任中医师，主任药师，主任中药师，主任护师，主任检验师，都是正高职称，依次类推。
二、职称称谓
1、中专或大专刚毕业职称是医士、考得执业医师证自动晋升为医师，医士和医师都称为初级职称。
2、从事医师工作本科四年硕士二年专科六年可以考主治医师，考试合格自动晋升为主治医师(中级职称)。
3、本科或硕士毕业获得中级职称后五年各项条件合格可以评副主任医师，博士毕业中级职称后三年可以评副主任医师(副高)。
4、本科或硕士毕业副高职称后五年各项条件合格可以评主任医师，博士毕业副高职称后三年可以评主任医师(正高)。
所谓正高，副高，中级，初级，是指职称而言，这是具有中国特色的。