员工个税由公司承担时，在会计分录中需要正确处理相关税务费用与员工薪酬的核算。具体操作步骤如下：
首先，公司需要按照员工的实际工资及适用的税率计算出应缴纳的个税金额。这一计算过程应基于国家税法规定，确保税务处理的合规性。
其次，在会计分录中，应将个税金额作为公司的税务费用进行核算。具体来说，应在“税金及附加”或“应交税金”科目下增加相应的个税金额。
同时，由于个税是由公司承担，因此员工的实际薪酬中不应包含个税部分。在核算员工薪酬时，应将个税金额从员工的应发工资中扣除，得出员工的实发工资。
最后，在支付员工薪酬时，应确保将实发工资准确无误地支付给员工，并在会计分录中记录相应的支付凭证。
综上所述：
员工个税由公司承担时，会计分录应正确处理税务费用与员工薪酬的核算，确保税务处理的合规性，并准确支付员工薪酬。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第二条规定：
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
《中华人民共和国会计法》
第九条规定：
各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计帐簿，编制财务会计报告。
任何单位不得以虚假的经济业务事项或者资料进行会计核算。
《中华人民共和国企业会计准则》
第二十五条规定：
企业应当按照交易或者事项的经济实质进行会计确认、计量和报告，不应仅以交易或者事项的法律形式为依据。
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